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生态系统整体论是一种生态复杂性理论，有着悠久的欧洲自然哲学传统，以此为基点，论文首先探索了生态系统整体论的哲学基础;然后，按照时间顺序和内在逻辑研究它的演化发展形态，并兼顾生态还原论对它的指责以及整体论对此的反驳;最后，详细分析论证了目前的主流生态系统整体论学派试图协调生态整体论与还原论之间分歧所做的各种努力，却收效甚微、致使还原论在生态科学中的影响日益增强的主要原因，并指出必须另辟蹊径才能找到解决问题的症结所在。
通过采用历史主义的研究方法，梳理生态科学的发展历史，发现作为生态系统整体论哲学基础的整体论、系统论与复杂性理论的关系没有理清，以及哲学史上整体论与还原论之间关于本体论、认识论和方法论的分歧极大地影响了最基本结构和功能的生态学实体的界定以及统一的生态复杂性理论的形成。尽管伴随着生态理论的日渐成熟，生态系统整体论沿着浪漫主义、有机整体论、机械整体论、还原整体论和进化整体论的演进过程中，也不断修正自己构成本质生态实体的尺度，但是，却始终无法消除还原论对它的本体论地位的否定，或有效回应整体论与还原论都对它方法论的还原性与本体论、认识论的整体性哲学立场不一致的质疑。作为生态学最新发展成果的辩证生态学、理论生态学和层级系统理论试图平息这些争论，但仍然没有逃脱事实上的回避或弱化生态实体的本体论地位问题的窠臼，导致了它们的认识论和方法论的哲学基础不稳、科学性不强的后果。如果把凯斯特勒的既是整体又是部分的“整体子”概念体系应用到生态系统，根据生态因果关系建构规则赋予生态子本体论地位，以及相应的认识论与方法论体系，可以使得整体论与还原论之间关于生态实体所处层次和尺度大小的认识差异得到消解，关于生态实体的本体论地位、哲学立场不一致的问题也将迎刃而解。
在前人研究成果的基础上，本文可能的新意体现在:针对整体论、系统论与复杂性理论的关系提出了自己的看法;指出有机实体整体论、系统论和本质主义是生态系统整体论的哲学基础;对历史上的生态系统整体论进行了归类;认为生态整体论与还原论之间分歧的本质在于怎样界定具有本体论地位的生态系统实体;建构“生态子”的本体论、认识论与方法论体系，一定程度上诠释并协调了生态系统整体论与还原论之间的矛盾。
通过采用历史主义的研究方法，梳理生态科学的发展历史，发现作为生态系统整体论哲学基础的整体论、系统论与复杂性理论的关系没有理清，以及哲学史上整体论与还原论之间关于本体论、认识论和方法论的分歧极大地影响了最基本结构和功能的生态学实体的界定以及统一的生态复杂性理论的形成。尽管伴随着生态理论的日渐成熟，生态系统整体论沿着浪漫主义、有机整体论、机械整体论、还原整体论和进化整体论的演进过程中，也不断修正自己构成本质生态实体的尺度，但是，却始终无法消除还原论对它的本体论地位的否定，或有效回应整体论与还原论都对它方法论的还原性与本体论、认识论的整体性哲学立场不一致的质疑。作为生态学最新发展成果的辩证生态学、理论生态学和层级系统理论试图平息这些争论，但仍然没有逃脱事实上的回避或弱化生态实体的本体论地位问题的窠臼，导致了它们的认识论和方法论的哲学基础不稳、科学性不强的后果。如果把凯斯特勒的既是整体又是部分的“整体子”概念体系应用到生态系统，根据生态因果关系建构规则赋予生态子本体论地位，以及相应的认识论与方法论体系，可以使得整体论与还原论之间关于生态实体所处层次和尺度大小的认识差异得到消解，关于生态实体的本体论地位、哲学立场不一致的问题也将迎刃而解。
在前人研究成果的基础上，本文可能的新意体现在:针对整体论、系统论与复杂性理论的关系提出了自己的看法;指出有机实体整体论、系统论和本质主义是生态系统整体论的哲学基础;对历史上的生态系统整体论进行了归类;认为生态整体论与还原论之间分歧的本质在于怎样界定具有本体论地位的生态系统实体;建构“生态子”的本体论、认识论与方法论体系，一定程度上诠释并协调了生态系统整体论与还原论之间的矛盾。