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在科技创新成为全球经济增长的主要动力的背景下，对创新型高科技项目的投资评价就成为一个非常重要的课题，创新型高科技项目的不确定性很高，而且在相当长的一段研发时间里是没有投资收益的，传统的评价方法很难对这类资产做出合理的评价，生物制药项目的投资是这其中的典型代表。采用传统的净现值法对生物制药项目进行评价，得出的项目价值经常为负，这种现象在其他类型的创新型高科技项目的评价中也普遍存在。
实物期权方法是金融期权理论在实物资产投资领域的延伸，由于实物期权方法能够把握不确定性投资所含有的期权式投资的特征，应用实物期权法评价不确定性投资项目正成为人们日益关注的一个热门研究课题。但是实物期权的标的资产往往是非交易的实物资产或项目收益，因此无法直接应用金融期权的定价方法来对实物期权进行估值，如何根据实物期权的特点来构建合理的估值模型是实物期权走向实际应用的一个难点。
本文对投资决策理论和实物期权理论进行了系统的、全面的回顾并对金融期权和实物期权、实物期权法和净现值法做了深入的分析和比较，本文全面、细致的分析了生物制药项目的投资特点和风险一收益特征，在这样的基础上本文主要对三个问题进行了深入研究：(1)实物期权法与传统净现值法的比较及其差异的原因；(2)非交易性标的资产的实物期权的一般定价方法；(3)生物制药项目投资的实物期权评价框架、模型及计算方法。
通过理论分析和实证研究，本文对于以上三个问题得出了以下成果：
(1)实物期权法与净现值法的一个重要区别在于两种方法对于项目收益预期的不同：实物期权法考虑了对于投资过程的管理，因而对于含有实物期权的不确定性的项目投资，它将投资者或投资管理者在投资过程中的投资策略以期权的形式引入投资评价模型，揭示了投资者可以利用投资过程中所包含的各种选择权来规避风险，从而能够较准确的把握不确定性投资项目的预期收益；而净现值法由于忽略了对于投资过程的分析，因而对于含有实物期权的投资项目，它低估了项目的预期收益，从而低估了项目的价值。
(2)对于非交易性标的资产的实物期权定价，本文通过假设实物期权具有金融市场交易性，研究了非交易性标的资产的实物期权定价的一般方法，采用鞅定价方法推导出了非交易性标的资产的实物期权价值所遵循的偏微分方程，为实物期权的合理定价提供了一定的理论基础。这种假设的合理性在于目前海外资本市场上已经有相当数量的这类以实物期权为核心资产价值的上市公司，其中以生物制药公司为最具代表性。同时本文也指出，对于非交易性标的资产的实物期权定价，不能假设标的资产是交易性的而直接应用风险中性定价法。
(3)本文通过深入分析生物制药项目的投资特点和风险一收益特征，提出生物制药项目可以看作是一个N重复合欧式实物期权，构建了N重复合欧式实物期权定价模型。并对于处于临床前研究初期的生物制药项目所包含的五重复合欧式实物期权，并利用行业统计数据，分别采用解析法(Matlab 编程)和数值法(蒙特卡罗模拟)计算了实物期权的价值，并与净现值法进行比较，说明了实物期权法能更好的把握不确定性投资的价值。
另外，本文讨论了实物期权理论在我国生物制药项目投资决策评价中应用的意义和应用难点，然后以我国生物制药的行业数据做了一个实例的分析，最后提出了建立我国生物制药项目的实物期权评价体系的构想和具体思路。这个评价体系的建立可以使投资者止确的认识生物制药项目的价值，提高生物制药项目投资管理的水平，为生物制药产业投资与金融体系的对接提供价值判断依据。