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蛋白-蛋白相互作用在生命活动中起到了重要的调控作用，尽管其界面的特殊性质，给有机小分子化合物调控剂的设计带来了困难，蛋白-蛋白相互作用体系仍然是一类极具潜力的药物靶标。迄今为止，关于靶向蛋白-蛋白相互作用体系的小分子调控剂，只有少数成功的例子见诸报道。针对蛋白-蛋白作用的小分子调控剂的设计是现代药物设计中一个值得探索的重要课题。
本论文工作主要围绕靶向蛋白-蛋白相互作用的小分子的设计。分别针对CD59-C8/C9蛋白体系，以及Bcl-2家族蛋白体系，进行先导化合物的发现和结构优化设计研究。
本论文工作的第一部分(参见论文第二章)是关于CD-C8/C9蛋白体系小分子抑制剂的虚拟筛选。基于已知的CD59蛋白关键残基信息，构建药效团模型，分别对Enamine，Maybridge及SPEC化合物数据库进行了筛选，并且通过GOLD程序分子对接，结合ChemScore及X-Score的共识评分体系，命中62个化合物，用于进一步的生物活性测试。
本论文工作的第二部分(参见论文第三章)针对Bcl-xL蛋白，进行了噻唑联吡唑酮类先导化合物的优化设计。通过分子对接、分子动力学模拟的方法，研究了先导化合物与目标靶蛋白的结合模式以及结构-活性关系。以此为基础，设计了42个新型小分子，这些化合物在亲合性打分函数ChemScore，X-Score的评价体系中有优异的表现。