镉恶性转化16HBE细胞中TEF-1δ、TIF3相关的ncRNA筛选

来源 :中国毒理学会第七次全国毒理学大会暨第八届湖北科技论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:falaong
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  [目的]镉是一种常见的工业和环境毒物,翻译延伸因子1δ(Translation elongation factor-1δ,TEF-1δ)在表达性质上和数量上的改变对肿瘤形成有一定作用,翻译启动因子(Translation initiation factor 3,TIF3)参与起始过程的许多步骤,研究发现其异常表达经常导致细胞转化.本课题组前期研究显示镉恶性转化16HBE细胞中TEF-1δ和TIF3出现异常表达,并发现其异常表达与突变、DNA甲基化及组蛋白乙酰化等表观遗传机制均无关,而其是否与非编码RNA的调控有关?未见报道.本研究拟筛选镉恶性转化细胞中TEF-1δ、TIF3异常表达相关的ncRNA.[材料和方法]对正常16HBE细胞和氯化镉恶性转化的35th细胞进行mRNA、miRNA和lncRNA芯片检测,并用生物信息学分析TEF1δ、TIF3在镉应答中差异表达的mRNA和miRNA,并寻找与TEF 1δ、TIF3潜在具有靶向关系的差异lnc RNA(miRNA-target lncRNA,序列靶向),构建lncRNA-miRNA-mRNA网络.利用RT-qPCR技术在正常16HBE细胞和氯化镉转化的35th细胞中对筛选得到的6个miRNAs(hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-301a-3p、hsa-miR-4716-5p、 hsa-miR-620和hsa-miR-3941)进行验证.[结果]构建了eIF3-mRNA共表达网络图和lncRNA-miRNA-eIF3的ceRNA调控网络.与正常16HBE细胞相比,TEF-1δ相关的ncRNA有mRNAs53个、miRNAs5个,TIF3相关的ncRNA有mRNAs41个和miRNA1个.在lncRNA-miRNA-mRNA网络图中被筛选的6个miRNAs都有相应的lncRNA靶基因,hsa-miR-130a-3p有lncRNA靶基因6个、hsa-miR-24-3p有7个、hsa-miR-301 a-3p有4个、hsa-miR-4716-5p有32个、hsa-miR-620有8个和hsa-miR-3941有14个,其中lncRNA-AC 103838.1为hsa-miR-130a-3p和hsa-miR-301 a-3p共同的靶基因.靶向预测结果显示,镉恶性转化细胞中hsa-miR-3941对eIF3有靶向调控作用,以hsa-miR-3941为应答原件或内源性RNA(ceRNA),AL096700.2,RP11-213G2.4和DHX9P1共14个lncRNAs与eIF3存在调控关系.RT-qPCR结果显示,与正常16HBE细胞相比, 35th代转化细胞中6个miRNAs(hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-301 a-3p、hsa-miR-4716-5p、 hsa-miR-620和hsa-miR-3941)表达量显著下降,分别降低了75.3%、77.7%、62.1%、88.4%、93.0%和83.5%,差异有统计学意义(P<0.05).[结论]本研究筛选出了镉恶性转化16HBE细胞中TEF1δ、TIF3相关的非编码RNA,为今后进一步探索镉的毒性机制提供了新的思路.这些非编码RNA与TEF-1δ、TIF3的调控功能与机制有待后续研究阐明.
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