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我国高等教育评估中介组织于20世纪90年代出现，之后获得了一定的发展，但目前，还存在着行政依附性强、主体资格不确定、运营混乱、合法性不够等问题。解决我国高等教育评估中介组织现存的这些问题，可以采用多种规范方式如市场调节、道德规范、组织自律等，但这些方式恐怕一时还难以奏效。当一种社会问题广泛存在又有着重要的影响，且一般的社会规范已不能有效地解决这一问题时，法律就成了我们的明智选择。
要想采用法律的手段对我国高等教育评估中介组织加以规范，促使其健康发展，首先需要确立平等对待与分类规制、鼓励与监督并重以及中立性等基本原则，进而从高等教育评估中介组织的主体资格和运营两方面，对高等教育评估中介组织进行法律规制。
当前，我国高等教育评估中介组织从主体上讲，既有法人组织如事业单位、企业法人等，也有一些没有注册为法人的机构。高等教育评估中介组织的独特性要求其必须是法人。我国《民法通则》规定了机关法人、事业单位法人以及企业法人和社会团体法人，这样的法人体系是存在较大问题的。因为，现行的事业单位法人范围过宽，既有国家拨款成立的兼有部分行政管理职能的公法人，又有依国家行政命令组建的公益法人，还有由自然人或法人组建并办理登记成立的私法人。这些法人没有按其特征抽象出同一类别的因素和基础。我们可参考国外的法人体系，把我国高等教育评估中介组织的主体类型设想为公益性营利法人、公益社团法人和财团法人等三类。
高等教育评估中介组织运营的法律规制可以分为两方面。首先是对其运营的基础法律关系的法律规制。高等教育评估中介组织在运营中主要构成民事委托和行政委托，委托的性质不同，相互的权利义务也存在差异。除此之外，还要规制运营中的其他方面，如设立、变更和终止以及目的、税收、资本与财务、法律责任等。不同类别高等教育评估中介组织的设立、变更和终止既有相同也有不一致之处，其组织的目的、资本与财务以及税收和法律责任也是如此。