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在大陆民营企业中，尤其是在自然人控股的民营企业中，企业的实际控制人不等同于董事长、也不等同于总经理，但是对企业拥有强大的掌控力，很大程度上决定着企业发展的方向。自然人控股公司实际控制人作为企业开展研发投入活动的主要决策者与推动者，对企业创新成果与可持续发展的重要性不言而喻。本文利用125家披露研发投入的制造行业的自然人控股公司为研究样本，首先对各样本自然人控股公司实际控制人的地位特征（包括是否为本公司创始人、是否担任本公司董事长、是否担任本公司总经理、是否兼任其他公司董事或高管）与企业R&D投入强度之间的相关性进行了理论分析与实证检验。之后，本文进一步探究了实际控制人持股比例作为调节变量，是否对自然人控股公司实际控制人地位特征与公司研发投入强度之间的关系产生调节效应。前人这一领域研究集中在企业高管或董事会特征对研发投入的影响，本文的研究填补了自然人控股公司实际控制人对公司重大经营决策尤其是企业研发投入的影响的研究空白。 本文研究结果表明:实际控制人持股比例、是否为公司董事长或总经理不会对企业创新活动产生实质性影响;自然人控股公司实际控制人是否为公司创始人与公司研发投入强度有显著的正相关关系;自然人控股公司实际控制人是否兼任其他公司（非本公司子公司或分公司）董事或高管与公司研发强度呈显著负相关关系。之后，本文发现自然人控股公司实际控制人持股比例对实际控制人是否担任董事长、是否担任总经理、是否为公司创始人与公司研发强度之间关系的调节效应不明显。相对的，实际控制人持股比例对实际控制人是否兼任其他公司的高管或董事与公司研发强度之间关系的调节效应明显，有着比较明显的正向调节作用。