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建设高等教育强国是中国教育未来发展的新使命。其中如何做强与国家主体功能区战略相适应相匹配的区域高等教育，是建设高等教育强国的核心任务和基本路径之一。本文提出主体功能区是中国高等教育区域发展必须要遵循的新指针，提出大学集群及其集聚—溢出效应，特别着重提出建构以三关系和四模式为核心内容的的中国高等教育区域发展新理论框架。即针对主体功能区提出的优化发展区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区的不同功能定位及发展要求，提出区域高等教育存在着先导发展、伴生发展、跟随发展的三种关系，并在此基础上进一步提出高等教育区域发展应分别采取政府主导、科教驱动模式，市场主导、经济驱动模式，政府扶持、生态驱动模式和混合动力、多元驱动模式。这是根植于中国经济社会和高等教育实际发展提升出来的中国本土理论。