【摘 要】
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[目的]食源性阪崎克罗诺杆菌中CRISPR-Cas系统的分布特征分析[方法]通过基因组二代测序和生物信息学分析获得17株食品源阪崎克罗诺杆菌的全长基因组,采用CRISPRFinder分析CRISPR分子的分布情况,利用所有cas；基因(n=394)轮廓进行PSI-BLAST搜索全长基因组中的cas基因,E值小于10-6为临界值.[结果]17株阪崎克罗诺杆菌中共发现5种CRISPR分子,其中CRIS
【机 构】
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省部共建华南应用微生物重点实验室,广东省菌种保藏与应用重点实验室,广东省微生物应用新技术公共实验室,广东省微生物研究所,广州,510070
【出 处】
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2016第五届中国食品安全高峰论坛
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[目的]食源性阪崎克罗诺杆菌中CRISPR-Cas系统的分布特征分析[方法]通过基因组二代测序和生物信息学分析获得17株食品源阪崎克罗诺杆菌的全长基因组,采用CRISPRFinder分析CRISPR分子的分布情况,利用所有cas；基因(n=394)轮廓进行PSI-BLAST搜索全长基因组中的cas基因,E值小于10-6为临界值.[结果]17株阪崎克罗诺杆菌中共发现5种CRISPR分子,其中CRISPR1和CRISPR2为具有活性的CRISPR分子,两种CRISPR分子的间隔序列数目多变,CRISPR2的间隔序列数显著性大于CRISPR1.唯一的一个cas基因群紧邻CRISPR1,在CRISPR2上游小于20Kb的位置,且所有阪崎克罗诺杆菌菌株均只发现一种CRISPR-Cas系统,根据cas基因组成特点,鉴定为1类I-E型的CRISPR-Cas系统.[结论]我们发现阪崎克罗诺杆菌中存在1类I-E型的CRISPR-Cas系统和两个具有活性的CRISPR分子,为未来进一步应用CRISPR分子用于阪崎克罗诺杆菌的基因分型和分子溯源奠定了基础.
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