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兵力精简，将官“表率”
台湾《联合报》2009年7月15日报道称，配合兵力结构调整，台军将官员额将大砍百人，其中包括总政战局长及副参谋总长2名上将，中将也将精简近20A，裁减幅度达四分之一。据推估，减少百名将官后，未来至少每月可省下1300万元新台币、每年可望省下约1.5亿新台币的人事费。与此同时，台军还将进行兵力结构调整，将“国防”资源集中运用在“不让敌人登陆立足”的主战部队，在推行募兵制后，可使作战部队的战力更为“精进”。
台军《青年日报》报道称，7月14日，台“国防部”邀请媒体记者“茶叙”，针对各界关心的“兵力结构调整”议题，由“国防部”相关人员公开说明。“国防部”同时指派8名中将与媒体会谈，说明兵力结构调整方案，可贻军对此不敢大意。但媒体关心的是这次兵力结构调整所导致的将官裁减案。1997年前，台军曾有600多名将军，在陆续经过“精实案”、“精进案”兵力裁减后，将官已经被砍了一半，现在共有387名。再经此波兵力调整，至2014年底，台军将官将不到300人，占军官比率约0.7％，虽高于美国、日本的0.5％，但低于英国、法国的1.6％。
台“国防部”宣称，为了展现“诚意”，这次兵力结构调整中将官员额裁减以中央机关为主，占总裁减数的将近一半，尽量不动基层。参谋本部现有3位副总长，陆海空三军各1名，参谋总长由海陆空三军轮流接任，未来参谋总长与2位副总长仍然由各军种轮流担任。至于裁撤的近20名中将，海军、空军各占15％，陆军占35％，中央机关与直属部队也占35％。不过编制在“国安会”、“国安局”和“教育部”等单位的将官员额，因非属“国防部”管辖，不在这渡精简计划中。
少将100万．中将300万、上将500万
虽有兵力结构调整之意，不过各界普遍认为这次将军大裁员的的直接导火索实为上半年曝光的台军买官丑闻。
岛内《中国时报》2009年4月7日报道称，板桥地检署侦结军事工程采购弊案，意外发现号称“军事掮客”的林治崇，于2006年底曾以600万元新台币运作后备司令部中将副司令袁肖龙晋升上将，最后虽然破案．但检方却因此案发现，有5、6名现任司令级上将和中将透过此管道升迁，卖官价码为：少将100万、中将300万、上将500万。
检方称，自称为金控集团第三代私生子的林治崇“军事掮客”集团，2005年开始“供养”军备局上校杨东山、中校王宗德，后备司令部采购组长中校钟永祥，借此取得台湾军事机构的弹药库、营区、大楼等“工程采购”标案规格，再运作厂商投标从中牟利。2006年底，林治崇透过钟永祥认识后备司令部副司令袁肖龙，当时传闻司令余连发即将调动，林治崇为了培植“自己人”，透过“立法院”外号“NIKE哥”的“立委”助理，约定以600万元价码(其中100万为佣金)运作袁肖龙升官。
数日后，“NIKE哥”交付林治崇一纸由时任“总统府副秘书长”卓荣泰上呈给陈水扁推荐、由袁肖龙晋升上将司令的推荐函。推荐函左下角还有“总统府用笺”字样。推荐函内容大致为“近来三军司令迭有替换，得悉总统先生对于后备司令部司令一职有意替换，后备司令部副司令袁肖龙于任职期间尽忠职守、足堪大任，建请将其晋升为后备司令部司令一职”。林治崇见到推荐函后，当场付了50万元头款。袁肖龙看到推荐函后，更是感动无比，随即指示部属钟永祥未来全力协助林治崇。后来袁肖龙未如愿晋升，气得把推荐函撕毁。
此外，林治崇还透过另一号称“霍妈妈”的高阶将领及现任“国防部参事”刘森泉卖官。2007年林治崇为让王宗德担任军备局营产中心施工管制组副组长，刘森泉要求林治崇捐助他的老长官、前“行政院长”唐飞所成立的“台湾前途展望基金会”，并协助他上政论节目宣扬理念。
检察官侦结后，将退役的袁肖龙依贪污治罪条例、泄密等罪处有期徒刑22年。东窗事发后，袁肖龙感叹说“爱升官才会落得如此下场”。林治崇与集团成员许佩君、陈靖捷、薛奇昌等则从轻量刑。除这些将领外，检方发现吴伟荣中将、黄颂少将、赵泰祺少将等与林治崇交往密切且有礼物馈赠，相关涉案部分将交军事司法机关调查。
就在林治崇案还在进一步审理中时，台“国安局”也传出了有“升迁异常”者。《联合报》6月28日报道称，民进党执政8年间，“国安局”有2名晋升少将或中将的人员升迁遭质疑，“国安局”已经函送高等军事检察署查办。知情人士推测，其中极可能包括前“国安局长”许惠佑任内提拔的一名中将。马英九6月26日晚间召集“国安局”、“国防部”及“法务部”人员到“总统府”开会，听取3个月肃贪查弊的成果。“国安局”6月27日晚间在一则响应媒体报导的新闻稿中，罕见地主动公布查处结果。“国安局”称，有关各界对买官卖官的质疑，经过成立项目小组深入调查，比对2000-2009年晋升中将11人及少将44人的人事相关档案，尚未发现有具体买官卖官证据。
针对台军连曝买官卖官案，马英九宣称，这对台军荣誉造成冲击，“国防部”必须在3个月内调查清楚。在马英九的要求下，台“国防部”和相关单位进行了所谓的地毯式清查。“国防部”与“法务部”成立了军司法联合项目小组，由特侦组、军法部门及地检署共同组成，这个小组在接到“国防部”清查有异常移送过来的案件后，进行后续的侦办。马英九还指示“国安局”，要把过去的一些军纪事件和买官卖官的传闻，一并追查。按照当局规定，对于军中买官卖官部分，上将军衔以上将官涉案，由特侦组侦办，上将以下将官，如有军民同时涉案就由地检署侦办，其它具体个案由军法部门侦办。6月26日，马英九再次主持当局高层会议，听取“国防部”、“国安局”等单位简报，并要求加强力量，扩大调查内容。
7月初，“国防部”以“极机密”件向“行政院”呈报肃贪报告。7月8日，马英九规定的3个月时限到期，“国防部”公开报告内容，宣称截至目前已立案移请高等军事法院检察署共计48件142人，其中包括将官114名、校官26名、上尉和士兵各1人。对于肃贪防弊，台“国防部”的书面数据仅5页，其中一份是新闻稿，另一份是陈肇敏的公开信。这5页数据，只有举出数字，未有具体的事证。这使岛内民众感到非常失望，同时马英九也不满意，要求继续清查到底。
陈水扁的“慷慨”与马英九的“悭吝”
《中国时报》6月28日报道称，根据台“国防部”历次公布晋任的将官名单统计，陈水扁8年任期内，总计晋任将官16次，共晋升732位将军，包括27个上将、147个中将和558个少将，平均一年出产92个将军。台军将官员额逐年精简，晋任人员却不减反增，且集中在陈水扁的第二任期与前“国防部长”李杰任内。自陈水扁任职“三军统帅”后，台军将官晋升由1年 1次改为2次，其任内晋升中将人数最多为13人，时间均集中在“总统”大选年与第二任期内。
《中国时报》报道称，依台军《陆海空军军官士官任官条例》第七条规定，“军官晋任须逐阶递晋，且须考绩合格，停年届满，且有上阶官额者，并完成必要的经历及教育”：不过，同法第八条规定，“有特殊勋绩者，得特令晋任，并不受上述规定限制。”在陈水扁的主导下，《条例》第八条规定在2006年被修正，原条文规定“有战功或特殊功绩”且须由“国防部”认定，但新规定让“总统”颁发勋章，成为校级军官晋阶的蹊径，更不受考绩、停年等限制，也让“总统”得以掌控军中将领升官机会。从此。不少台军军官通过授勋的“快捷方式”，从“梅花”变“星星”，随后办理退伍，享有将军特有的“全薪”退休俸。台军上次精简后，将官总额为387员，其中上将9员，中将64员，少将314员，但陈水扁任内将官异动人次竟多达747人，远超过历届“总统”及现有编制，其中不少上校晋任少将不久后即办理退伍。导致“台湾不打仗，却是满天星”的现象。
不过在马英九上任后，台军将官的提拔有明显放缓趋势，其已晋升3批将军共101人，其中仅有18个中将。据岛内“监察院”最新调查报告称，台军目前有387名将军，等同每1000k．就有1.55名将军，比大陆、美国和韩国都高很多。而台“国防部”以外，“总统府”还有17个将官缺，其中战略顾问有12人；“国安会”也编有21～25个将官缺，“国安局”甚至还有61个将官员额，将官比重明显失衡。因此，马英九上任就提出了要建设所谓“小而精、小而美”的台军。
为配合马英九的建军主张，台军提出了把目前27.5万人精简到21.5万人的裁军计划。借助这次裁军以及“六部并三部”的改组方案，台军内部也顺势检讨将官裁减的空间，初步估计可裁减的将官员额至少在100人左右，其中除配合司令部整并和降编所检讨出的数10个将官员额外，其它还包括各军总部的“委员”、增设副司令等职务，合计约超过100名将官职缺未来都将出缺不补。马英九上任一年来．已将台军上将员额从过去的12人精简到9人，其中后备司令，联勤司令和总政战局长3个上将缺都已随单位降编裁撤。据规划，目前仍为上将编阶的“国防大学校长”一职，未来也将降编为中将。
6月25日上午，台“国防部”在三军军官俱乐部举行2009年度下半年将官晋升典礼，马英九亲自主持。由于这是陆续传出台军军纪丑闻之后的首次晋升，马英九只核定晋升中将2人，少将23A，晋升人数是10年来最少的一次。马英九上任后，去年7月首次晋升43名将军，其中包含11名中将。今年1月再晋升33名将军，但中将人数已锐减至5人。有台军高层私下表示，这些将官真的可以说是马英九“严选”出来的。
这次晋升中将者仅有“国防部军法司司长”许庆 、海军教准部指挥官李皓2人。有意思的是，在23名少将晋升名单中，政战及宪兵系统全都落空。最受注目的是现任空军499联队副联队长陈金龙，他曾是首位原住民“幻影”战机飞行员，也是继李登辉晋升首名阿美族飞行员高巍和之后，17年来第二位原住民飞行员晋升的将军。授衔仪式上，马英九针对台军丑闻，教育将军们要诚实。并举例称，他5月到中美洲访问，时间刚好和“汉光”演习冲突，回来后“汉光”演习已经结束，结果媒体报导本来台军全军覆没，他回来之后大获全胜，这实在相当荒唐，事实上他回来之后根本没有去参加“汉光”兵推，而是参加政军兵推。
三部制与募兵制
台军《青年日报》7月15日报道称，为应对特殊的“敌情”威胁，“国防部”正在进行兵力结构调整。根据规划，台军兵力规模缩编，主要是将高司幕僚组织整并，汰除老旧无效装备，行政、后勤结合民间资源释出，以节约后勤人力，并加紧推进募兵制。
21.5万新台军台“国防部常务次长”林于豹宣称，台军这次兵力结构调整，预计从2009年开始，为期6年半，至今已召开55次专案会议，完成后并已在今年2月7日和6月24日向马英九进行了专案报告，得到马英九认可。
台军规划于2011-2014年期间，台军兵力规模将由现行27.5万人调降为21.5万人。未来将现行陆军、海军、空军、联勤、后备、宪兵等6个司令部整并为陆军、海军、空军3个司令部，以减少指挥层级，提高指挥速度，强化三军联战效能。同时，“国防部”本部依“国防二法”精神，将原6司6室业务与功能相近的单位予以整并，调整为4司3室，原人力司分并至资源司和人事次长室，原法制司则并入军法司。参谋本部则裁撤军务办公室，由7个幕僚单位整并为6个幕僚单位。宪兵司令部调整为参谋本部宪兵指挥部，员额降为9000余人，依任务需求分为两个指挥系统，3000余人负责陆、海、空军基地警卫，由各军种自行督导，宪兵指挥部所辖的6000余人，负责岛内领导人安全、台北卫戌和军纪维护。
陆军将由原先的13万余人，调降至近10万人，是这波人事精简裁减最多的军种。未来陆军部队维持3个军团指挥部、4个防卫指挥部及1个航空特战指挥部架构，并依地区特性整并本、外岛地区指挥部及守备队，各军团指挥部所辖装甲、机步及新训旅等战略基本单位也维持现况。后备司令部整编为指挥部，所辖各新训旅移编各军团指挥部。联勤司令部纳入原陆军航勤、飞勤厂，整编为指挥部。后备、联勤总人数由13万余人降为10万人内，后备所辖的新训旅则移编至陆军各军团指挥。
海军部队则维持现行舰队及陆战队两大核心兵力架构，舰队整并编成8个舰队，陆战队基地警卫旅裁撤，维持2个陆战旅。空军部队仍维持作战、防空及作战联队的基本架构。
不再“垒面打赢”台“国防部”7月14日公布的“台军兵力结构调整”宣称，由于无法也不宜与大陆进行传统式的消耗战，因此将台澎防卫作战的“胜战”定义，由“全面打赢敌人”调整为“不让敌人登陆立足”。
“国防部”的说明称，以往基于台海冲突的模式与架构，对于战争胜利的追求，均强调如何在战场上全面战胜“敌人”。如此也容易形成全面性战力对峙。然而，根据现今两岸军事实力“敌大我小”的状况，台军必须以务实的态度，重新思考“胜战”的定义，才能达到“防卫固守、有效吓阻”的目的。兵力结构调整也将以此为目标，希望以常备精锐武力，争取关键时空下的相对战力优势，如此，不但可以借助一支“小而精、小而强”的部队，达成防卫作战的任务，更可避免落入两岸军备竞赛的泥淖，毕竟在综合“国力”的比较上，两岸目前仍处于不对称的战略态势。
不过也有民进党“立委”质疑，“台湾不求战、不希望战争，但是台湾的基本战力还是必须与时俱进，未战先怯要人民如何相信这样的军队”。
募兵制“甜梦”台“国防部”目前正极力推动募兵制。台军声称，募兵与征兵比例逐年调整，未 来兵力结构虽然在兵员总数已经下降，但是因为兵力结构调整之后，“国防”资源集中运用在主战部队，加上经由募兵制所招募获得高素质及具备丰富实务经验的部队战力。调整之后的兵力结构反而使作战部队的战力更为精进，甚至与西方国家比较，台湾兵力数字占总人口数的0.93％，仍为募兵制国家中最高者。
台军募兵制全案分为兵力结构规划、法制修订、计划执行三个阶段，从2008年7月开始，计划在2014年12月底完成兵力结构调整。从兵力规模来说，世界实施募兵制的主要国家和地区，其兵力规模占总人口比率以美国0.51％最高，和台湾总人口相近的澳大利亚是0.25％，马来西亚是0.41％。台军还称，“台湾无法与中共进行数量上的竞争，但可透过募兵制引进高素质人才接受长期训练，通过质的提升增强实质战力。”
为了推动募兵制，台军还采取了“高薪利诱”。从7月1日起，全募兵制开始进入“计划准备阶段”，预计2011年开始“执行验证阶段”，届时招募员额也将从今年的1.7万余人提升到2.5—3万人。募兵制在2015年正式推动后，台军必须陆续招募到10万志愿役大军，才能完全落实马英九的全募兵制计划，因此军方内部也担心未来几年经济好转将招募不到士兵。《中国时报》7月6日报道称，台“国防部”准备从2011年开始，为志愿兵薪水加码至少一成，也即从目前2.79万调高到保证最少3万元，未来并以3.5万为目标，随当局财政状况逐年调升，志愿役士兵可望成为景气不佳时，少数待遇逆势成长的特殊行业。如果在外岛或特殊勤务单位服役，薪水甚至有机会突破3.5万以上，待遇比时下一般研究生毕业的社会企业还高。
其次是对服役期采取弹性规定。《联合报》报道称，5月15日，“立法院”三读通过《志愿士兵服役条例部分条文修正案》，《修正案》增列志愿役士兵退伍机制，案规志愿役士兵的除役年龄为45岁，上等兵现役最大年限为10年。未来职业军人如无法适应军中生活，于核定入役日起3个月期满后，经评审不适服志愿士兵者。可申请退伍。为防止集体退伍发生，增定“不适服志愿士兵人员，未服满志愿士兵现役最少年限者，应予赔偿”，赔偿范围、数额由“国防部”制定。
再次是改善住房条件。台军方已开始整修过去传统的大通铺营舍，并逐步改为4％-间并有空调的宿舍，宿舍格局也将兼顾个人生活的私密性，全案预计2014年达成。
尽管台军对募兵制不遗余力，但岛内社会仍然对募兵制不以为然，《中国时报》7月15日发表文章称，全募兵制的推动已经箭在弦上，但最关键的财力问题，“国防部”却仍回避不提，甚至还将财源寄望于未来，外界不免忧心，未来恐真要举债养兵?或干脆删减军购预算不买新武器?文章还称，“国防部”现在推动全募兵制，似乎让外界又看到扁政府时代推动军购的影子。如对美国采购8艘潜艇，“国防部”迟迟说不出要花多少钱，甚至不知潜艇构型，就要社会支持，简直是把人民当凯子。
台湾《联合报》2009年7月15日报道称，配合兵力结构调整，台军将官员额将大砍百人，其中包括总政战局长及副参谋总长2名上将，中将也将精简近20A，裁减幅度达四分之一。据推估，减少百名将官后，未来至少每月可省下1300万元新台币、每年可望省下约1.5亿新台币的人事费。与此同时，台军还将进行兵力结构调整，将“国防”资源集中运用在“不让敌人登陆立足”的主战部队，在推行募兵制后，可使作战部队的战力更为“精进”。
台军《青年日报》报道称，7月14日，台“国防部”邀请媒体记者“茶叙”，针对各界关心的“兵力结构调整”议题，由“国防部”相关人员公开说明。“国防部”同时指派8名中将与媒体会谈，说明兵力结构调整方案，可贻军对此不敢大意。但媒体关心的是这次兵力结构调整所导致的将官裁减案。1997年前，台军曾有600多名将军，在陆续经过“精实案”、“精进案”兵力裁减后，将官已经被砍了一半，现在共有387名。再经此波兵力调整，至2014年底，台军将官将不到300人，占军官比率约0.7％，虽高于美国、日本的0.5％，但低于英国、法国的1.6％。
台“国防部”宣称，为了展现“诚意”，这次兵力结构调整中将官员额裁减以中央机关为主，占总裁减数的将近一半，尽量不动基层。参谋本部现有3位副总长，陆海空三军各1名，参谋总长由海陆空三军轮流接任，未来参谋总长与2位副总长仍然由各军种轮流担任。至于裁撤的近20名中将，海军、空军各占15％，陆军占35％，中央机关与直属部队也占35％。不过编制在“国安会”、“国安局”和“教育部”等单位的将官员额，因非属“国防部”管辖，不在这渡精简计划中。
少将100万．中将300万、上将500万
虽有兵力结构调整之意，不过各界普遍认为这次将军大裁员的的直接导火索实为上半年曝光的台军买官丑闻。
岛内《中国时报》2009年4月7日报道称，板桥地检署侦结军事工程采购弊案，意外发现号称“军事掮客”的林治崇，于2006年底曾以600万元新台币运作后备司令部中将副司令袁肖龙晋升上将，最后虽然破案．但检方却因此案发现，有5、6名现任司令级上将和中将透过此管道升迁，卖官价码为：少将100万、中将300万、上将500万。
检方称，自称为金控集团第三代私生子的林治崇“军事掮客”集团，2005年开始“供养”军备局上校杨东山、中校王宗德，后备司令部采购组长中校钟永祥，借此取得台湾军事机构的弹药库、营区、大楼等“工程采购”标案规格，再运作厂商投标从中牟利。2006年底，林治崇透过钟永祥认识后备司令部副司令袁肖龙，当时传闻司令余连发即将调动，林治崇为了培植“自己人”，透过“立法院”外号“NIKE哥”的“立委”助理，约定以600万元价码(其中100万为佣金)运作袁肖龙升官。
数日后，“NIKE哥”交付林治崇一纸由时任“总统府副秘书长”卓荣泰上呈给陈水扁推荐、由袁肖龙晋升上将司令的推荐函。推荐函左下角还有“总统府用笺”字样。推荐函内容大致为“近来三军司令迭有替换，得悉总统先生对于后备司令部司令一职有意替换，后备司令部副司令袁肖龙于任职期间尽忠职守、足堪大任，建请将其晋升为后备司令部司令一职”。林治崇见到推荐函后，当场付了50万元头款。袁肖龙看到推荐函后，更是感动无比，随即指示部属钟永祥未来全力协助林治崇。后来袁肖龙未如愿晋升，气得把推荐函撕毁。
此外，林治崇还透过另一号称“霍妈妈”的高阶将领及现任“国防部参事”刘森泉卖官。2007年林治崇为让王宗德担任军备局营产中心施工管制组副组长，刘森泉要求林治崇捐助他的老长官、前“行政院长”唐飞所成立的“台湾前途展望基金会”，并协助他上政论节目宣扬理念。
检察官侦结后，将退役的袁肖龙依贪污治罪条例、泄密等罪处有期徒刑22年。东窗事发后，袁肖龙感叹说“爱升官才会落得如此下场”。林治崇与集团成员许佩君、陈靖捷、薛奇昌等则从轻量刑。除这些将领外，检方发现吴伟荣中将、黄颂少将、赵泰祺少将等与林治崇交往密切且有礼物馈赠，相关涉案部分将交军事司法机关调查。
就在林治崇案还在进一步审理中时，台“国安局”也传出了有“升迁异常”者。《联合报》6月28日报道称，民进党执政8年间，“国安局”有2名晋升少将或中将的人员升迁遭质疑，“国安局”已经函送高等军事检察署查办。知情人士推测，其中极可能包括前“国安局长”许惠佑任内提拔的一名中将。马英九6月26日晚间召集“国安局”、“国防部”及“法务部”人员到“总统府”开会，听取3个月肃贪查弊的成果。“国安局”6月27日晚间在一则响应媒体报导的新闻稿中，罕见地主动公布查处结果。“国安局”称，有关各界对买官卖官的质疑，经过成立项目小组深入调查，比对2000-2009年晋升中将11人及少将44人的人事相关档案，尚未发现有具体买官卖官证据。
针对台军连曝买官卖官案，马英九宣称，这对台军荣誉造成冲击，“国防部”必须在3个月内调查清楚。在马英九的要求下，台“国防部”和相关单位进行了所谓的地毯式清查。“国防部”与“法务部”成立了军司法联合项目小组，由特侦组、军法部门及地检署共同组成，这个小组在接到“国防部”清查有异常移送过来的案件后，进行后续的侦办。马英九还指示“国安局”，要把过去的一些军纪事件和买官卖官的传闻，一并追查。按照当局规定，对于军中买官卖官部分，上将军衔以上将官涉案，由特侦组侦办，上将以下将官，如有军民同时涉案就由地检署侦办，其它具体个案由军法部门侦办。6月26日，马英九再次主持当局高层会议，听取“国防部”、“国安局”等单位简报，并要求加强力量，扩大调查内容。
7月初，“国防部”以“极机密”件向“行政院”呈报肃贪报告。7月8日，马英九规定的3个月时限到期，“国防部”公开报告内容，宣称截至目前已立案移请高等军事法院检察署共计48件142人，其中包括将官114名、校官26名、上尉和士兵各1人。对于肃贪防弊，台“国防部”的书面数据仅5页，其中一份是新闻稿，另一份是陈肇敏的公开信。这5页数据，只有举出数字，未有具体的事证。这使岛内民众感到非常失望，同时马英九也不满意，要求继续清查到底。
陈水扁的“慷慨”与马英九的“悭吝”
《中国时报》6月28日报道称，根据台“国防部”历次公布晋任的将官名单统计，陈水扁8年任期内，总计晋任将官16次，共晋升732位将军，包括27个上将、147个中将和558个少将，平均一年出产92个将军。台军将官员额逐年精简，晋任人员却不减反增，且集中在陈水扁的第二任期与前“国防部长”李杰任内。自陈水扁任职“三军统帅”后，台军将官晋升由1年 1次改为2次，其任内晋升中将人数最多为13人，时间均集中在“总统”大选年与第二任期内。
《中国时报》报道称，依台军《陆海空军军官士官任官条例》第七条规定，“军官晋任须逐阶递晋，且须考绩合格，停年届满，且有上阶官额者，并完成必要的经历及教育”：不过，同法第八条规定，“有特殊勋绩者，得特令晋任，并不受上述规定限制。”在陈水扁的主导下，《条例》第八条规定在2006年被修正，原条文规定“有战功或特殊功绩”且须由“国防部”认定，但新规定让“总统”颁发勋章，成为校级军官晋阶的蹊径，更不受考绩、停年等限制，也让“总统”得以掌控军中将领升官机会。从此。不少台军军官通过授勋的“快捷方式”，从“梅花”变“星星”，随后办理退伍，享有将军特有的“全薪”退休俸。台军上次精简后，将官总额为387员，其中上将9员，中将64员，少将314员，但陈水扁任内将官异动人次竟多达747人，远超过历届“总统”及现有编制，其中不少上校晋任少将不久后即办理退伍。导致“台湾不打仗，却是满天星”的现象。
不过在马英九上任后，台军将官的提拔有明显放缓趋势，其已晋升3批将军共101人，其中仅有18个中将。据岛内“监察院”最新调查报告称，台军目前有387名将军，等同每1000k．就有1.55名将军，比大陆、美国和韩国都高很多。而台“国防部”以外，“总统府”还有17个将官缺，其中战略顾问有12人；“国安会”也编有21～25个将官缺，“国安局”甚至还有61个将官员额，将官比重明显失衡。因此，马英九上任就提出了要建设所谓“小而精、小而美”的台军。
为配合马英九的建军主张，台军提出了把目前27.5万人精简到21.5万人的裁军计划。借助这次裁军以及“六部并三部”的改组方案，台军内部也顺势检讨将官裁减的空间，初步估计可裁减的将官员额至少在100人左右，其中除配合司令部整并和降编所检讨出的数10个将官员额外，其它还包括各军总部的“委员”、增设副司令等职务，合计约超过100名将官职缺未来都将出缺不补。马英九上任一年来．已将台军上将员额从过去的12人精简到9人，其中后备司令，联勤司令和总政战局长3个上将缺都已随单位降编裁撤。据规划，目前仍为上将编阶的“国防大学校长”一职，未来也将降编为中将。
6月25日上午，台“国防部”在三军军官俱乐部举行2009年度下半年将官晋升典礼，马英九亲自主持。由于这是陆续传出台军军纪丑闻之后的首次晋升，马英九只核定晋升中将2人，少将23A，晋升人数是10年来最少的一次。马英九上任后，去年7月首次晋升43名将军，其中包含11名中将。今年1月再晋升33名将军，但中将人数已锐减至5人。有台军高层私下表示，这些将官真的可以说是马英九“严选”出来的。
这次晋升中将者仅有“国防部军法司司长”许庆 、海军教准部指挥官李皓2人。有意思的是，在23名少将晋升名单中，政战及宪兵系统全都落空。最受注目的是现任空军499联队副联队长陈金龙，他曾是首位原住民“幻影”战机飞行员，也是继李登辉晋升首名阿美族飞行员高巍和之后，17年来第二位原住民飞行员晋升的将军。授衔仪式上，马英九针对台军丑闻，教育将军们要诚实。并举例称，他5月到中美洲访问，时间刚好和“汉光”演习冲突，回来后“汉光”演习已经结束，结果媒体报导本来台军全军覆没，他回来之后大获全胜，这实在相当荒唐，事实上他回来之后根本没有去参加“汉光”兵推，而是参加政军兵推。
三部制与募兵制
台军《青年日报》7月15日报道称，为应对特殊的“敌情”威胁，“国防部”正在进行兵力结构调整。根据规划，台军兵力规模缩编，主要是将高司幕僚组织整并，汰除老旧无效装备，行政、后勤结合民间资源释出，以节约后勤人力，并加紧推进募兵制。
21.5万新台军台“国防部常务次长”林于豹宣称，台军这次兵力结构调整，预计从2009年开始，为期6年半，至今已召开55次专案会议，完成后并已在今年2月7日和6月24日向马英九进行了专案报告，得到马英九认可。
台军规划于2011-2014年期间，台军兵力规模将由现行27.5万人调降为21.5万人。未来将现行陆军、海军、空军、联勤、后备、宪兵等6个司令部整并为陆军、海军、空军3个司令部，以减少指挥层级，提高指挥速度，强化三军联战效能。同时，“国防部”本部依“国防二法”精神，将原6司6室业务与功能相近的单位予以整并，调整为4司3室，原人力司分并至资源司和人事次长室，原法制司则并入军法司。参谋本部则裁撤军务办公室，由7个幕僚单位整并为6个幕僚单位。宪兵司令部调整为参谋本部宪兵指挥部，员额降为9000余人，依任务需求分为两个指挥系统，3000余人负责陆、海、空军基地警卫，由各军种自行督导，宪兵指挥部所辖的6000余人，负责岛内领导人安全、台北卫戌和军纪维护。
陆军将由原先的13万余人，调降至近10万人，是这波人事精简裁减最多的军种。未来陆军部队维持3个军团指挥部、4个防卫指挥部及1个航空特战指挥部架构，并依地区特性整并本、外岛地区指挥部及守备队，各军团指挥部所辖装甲、机步及新训旅等战略基本单位也维持现况。后备司令部整编为指挥部，所辖各新训旅移编各军团指挥部。联勤司令部纳入原陆军航勤、飞勤厂，整编为指挥部。后备、联勤总人数由13万余人降为10万人内，后备所辖的新训旅则移编至陆军各军团指挥。
海军部队则维持现行舰队及陆战队两大核心兵力架构，舰队整并编成8个舰队，陆战队基地警卫旅裁撤，维持2个陆战旅。空军部队仍维持作战、防空及作战联队的基本架构。
不再“垒面打赢”台“国防部”7月14日公布的“台军兵力结构调整”宣称，由于无法也不宜与大陆进行传统式的消耗战，因此将台澎防卫作战的“胜战”定义，由“全面打赢敌人”调整为“不让敌人登陆立足”。
“国防部”的说明称，以往基于台海冲突的模式与架构，对于战争胜利的追求，均强调如何在战场上全面战胜“敌人”。如此也容易形成全面性战力对峙。然而，根据现今两岸军事实力“敌大我小”的状况，台军必须以务实的态度，重新思考“胜战”的定义，才能达到“防卫固守、有效吓阻”的目的。兵力结构调整也将以此为目标，希望以常备精锐武力，争取关键时空下的相对战力优势，如此，不但可以借助一支“小而精、小而强”的部队，达成防卫作战的任务，更可避免落入两岸军备竞赛的泥淖，毕竟在综合“国力”的比较上，两岸目前仍处于不对称的战略态势。
不过也有民进党“立委”质疑，“台湾不求战、不希望战争，但是台湾的基本战力还是必须与时俱进，未战先怯要人民如何相信这样的军队”。
募兵制“甜梦”台“国防部”目前正极力推动募兵制。台军声称，募兵与征兵比例逐年调整，未 来兵力结构虽然在兵员总数已经下降，但是因为兵力结构调整之后，“国防”资源集中运用在主战部队，加上经由募兵制所招募获得高素质及具备丰富实务经验的部队战力。调整之后的兵力结构反而使作战部队的战力更为精进，甚至与西方国家比较，台湾兵力数字占总人口数的0.93％，仍为募兵制国家中最高者。
台军募兵制全案分为兵力结构规划、法制修订、计划执行三个阶段，从2008年7月开始，计划在2014年12月底完成兵力结构调整。从兵力规模来说，世界实施募兵制的主要国家和地区，其兵力规模占总人口比率以美国0.51％最高，和台湾总人口相近的澳大利亚是0.25％，马来西亚是0.41％。台军还称，“台湾无法与中共进行数量上的竞争，但可透过募兵制引进高素质人才接受长期训练，通过质的提升增强实质战力。”
为了推动募兵制，台军还采取了“高薪利诱”。从7月1日起，全募兵制开始进入“计划准备阶段”，预计2011年开始“执行验证阶段”，届时招募员额也将从今年的1.7万余人提升到2.5—3万人。募兵制在2015年正式推动后，台军必须陆续招募到10万志愿役大军，才能完全落实马英九的全募兵制计划，因此军方内部也担心未来几年经济好转将招募不到士兵。《中国时报》7月6日报道称，台“国防部”准备从2011年开始，为志愿兵薪水加码至少一成，也即从目前2.79万调高到保证最少3万元，未来并以3.5万为目标，随当局财政状况逐年调升，志愿役士兵可望成为景气不佳时，少数待遇逆势成长的特殊行业。如果在外岛或特殊勤务单位服役，薪水甚至有机会突破3.5万以上，待遇比时下一般研究生毕业的社会企业还高。
其次是对服役期采取弹性规定。《联合报》报道称，5月15日，“立法院”三读通过《志愿士兵服役条例部分条文修正案》，《修正案》增列志愿役士兵退伍机制，案规志愿役士兵的除役年龄为45岁，上等兵现役最大年限为10年。未来职业军人如无法适应军中生活，于核定入役日起3个月期满后，经评审不适服志愿士兵者。可申请退伍。为防止集体退伍发生，增定“不适服志愿士兵人员，未服满志愿士兵现役最少年限者，应予赔偿”，赔偿范围、数额由“国防部”制定。
再次是改善住房条件。台军方已开始整修过去传统的大通铺营舍，并逐步改为4％-间并有空调的宿舍，宿舍格局也将兼顾个人生活的私密性，全案预计2014年达成。
尽管台军对募兵制不遗余力，但岛内社会仍然对募兵制不以为然，《中国时报》7月15日发表文章称，全募兵制的推动已经箭在弦上，但最关键的财力问题，“国防部”却仍回避不提，甚至还将财源寄望于未来，外界不免忧心，未来恐真要举债养兵?或干脆删减军购预算不买新武器?文章还称，“国防部”现在推动全募兵制，似乎让外界又看到扁政府时代推动军购的影子。如对美国采购8艘潜艇，“国防部”迟迟说不出要花多少钱，甚至不知潜艇构型，就要社会支持，简直是把人民当凯子。