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台“外交部”代发言人章计平宣称，南海地区不管是历史、法理都是“中华民国”固有疆域。当此针锋相对时期，以往扮演“陪太子读书”角色的海巡署发言人高调表示，鉴于目前南海形势的严峻性，海巡署将进一步强化在这一地区的存在。
2009年6月中旬，台湾海巡署宣称，“近日，联合国为了解决各国领海主权纷争，提出了一项划界案，没想到却成为东南亚各国觊觎南沙太平岛主权的借口，5个月来，侵犯南沙海域的外国籍渔船高达500多艘，这一数字是整个2008年统计数字的两倍还多。不只越南渔船频频进犯，甚至连菲律宾都公开宣布把太平岛划入菲国领土。”台湾当局认为，这根本是无视南沙太平岛海域主权归属“中华民国”，台“外交部”今年以来三度发出声明稿抗议。
与此同时，台海巡署在东沙兴建了巡防艇码头，有9艘舰艇在东沙海域巡航。东沙指挥部上校指挥官刘国列宣称，由于南海为争议地区，东沙海域一向有包括大陆、越南、菲律宾的渔船进入，海巡署雷达须24小时监控，一旦有非台湾渔船驶入，立即派舰艇加以驱离。
马英九的海洋战略
似乎是为了配合保南沙的军事“外交”斗争需要，台军“汉光25号”兵棋推演刚刚结束，海巡署就于6月7日在高雄港又举行了“海安五号”实兵演习，以展现所谓的海事安全执行能量。
以马英九“蓝色革命、海洋兴国”口号为主题的“海安五号”演习，于当天上午在新光码头举办。演习共动员995人、各型巡防舰艇37艘、直升机8架，现场展示海巡救难相关装备32项。参演单位包括海巡署、空勤队、高雄港警局、海军陆战队以及中油大林炼油厂等21个单位。演习项目包括：陆上校阅与装备展示、海上暨空中分列式、特勤艇性能操演及海上综合演练4大项。其中海上综合演练假设恐怖分子于高雄世界运动会期间在高雄港挟持一艘游艇及一艘油轮，海巡署人员攻坚救出人质后，部分恐怖分子炸毁油轮意图同归于尽。相关单位随后展开海空联合应变综合演练，击毙恐怖分子、救出人质并进行海上救灾及除污，铺设拦油素防范海面油污扩散。
值得关注的是，马英九在参加“海安五号”演习时宣称，台湾是海洋“国家”，远洋渔业渔获量也排名全球前10名，未来将分两阶段逐步成立“海洋部”，统筹海洋事务及渔业相关业务。马英九称，成立“海洋部”是他的竞选政见，未来将分两阶段实现，第一阶段将先行成立海洋事务委员会，待发展成熟后，再进一步成立“海洋部”。马英九还称，台湾有必要建立海军之外的海上警察武力，现行海巡署最大舰艇顶多1800吨，添购2000吨以上大型巡防舰艇，维护海事安全及保障海外作业渔民安全，这个钱值得花。马英九声称，海巡人员是训练有素又专精的“劲旅”，拿得出来，也用得上，去年处理钓鱼岛渔事纠纷的能力及专业无懈可击，不仅深受岛内民众肯定，也获“日本肯定”。鉴于东印度洋等海域海盗猖獗，威胁台湾远洋作业渔民安全，海巡人员应随时准备好投入护渔行列，让渔民在海外作业除有海军可保护外，也能受到海巡人员的保护。
台湾海岸警卫队
台湾海巡署的全称是海岸巡防署，其前身为1958年5月戒严时期成立的、最大的情治机构警备总司令部，隶属于“行政院”。在戒严时期，警备总司令部是执行戒严任务权力最大的情治机关，充满阴暗、恐怖、神秘的色彩。1992年8月1日，台湾当局宣布开始裁撤警备总司令部，其主要职能也改为打击危害岛内安全及走私、偷渡等海上犯罪行为。1999年，当局提出建立海岸巡防专责机构的构想。2000年1月28日，警备总司令部与原“内政部”警政署水上警察局、“财政部”关税总局缉私舰艇队及台军参谋本部海岸巡防司令部等单位整合编成了海巡署，直属“行政院”。海巡署的成立可以说改变了台湾以往的海洋相关事权分散的局面。
海巡署下辖海洋巡防，总局、海岸巡防总局及空中侦巡队等单位，编制总员额21400余人。本署机关编制员额440人，设署长1人，副署长3人。署本部机关设勤务指挥中心、秘书室、人事处、情报处、巡防处、后勤处、通电资讯处、企划处、会计处、政风处等，另设法规委员会、海洋事务研究委员会及空中侦巡队等单位。海巡署除了机关及行政单位外，实际的海巡任务由海岸巡防总局以及海洋巡防总局分担。
海岸巡防总局管辖范围为台澎金马地区海岸白海水低潮线以迄高潮线起算500米以内的岸际地区及近海沙洲，分为北中南东四个地区局。北部地区巡防局原为台军北区海岸巡防部队，负责宜兰大浊水溪至新竹青天泉间的北部地区海岸，以及马祖、龟山岛、基隆屿、彭佳屿的海岸巡防工作。中部地区巡防局为原台军中区海岸巡防部队，负责新竹青天泉以南至嘉义八掌溪出海口以北的台湾中部地区海岸，以及金门、乌丘屿的海岸巡防工作。南部地区巡防局原台军南区海岸巡防部队，负责自嘉义八掌溪(含)以南迄塔瓦溪(含)以南的台湾南部地区海岸，以及东沙群岛、南沙群岛、澎湖群岛的海岸巡防工作。东部地区巡防局原为台军东区海岸巡防部队，负责屏东、台东交界塔瓦溪以北至宜兰大浊水溪以南的台湾东部海岸，以及绿岛、兰屿两离岛的海岸巡防工作。各地区局下分设总队或大队，总队大队则下设安检所，性质类似于警察机关的派出所。
现任海巡署长王进旺为1947年10月19日生人，“中央员警大学”行政员警学系毕业，台北大学犯罪研究所硕士。曾任县市警察局局长，“内政部警政署署长”，“国家安全局副局长”。王进旺因幼年家境不好，初中毕业后投考师专，当了3年的小学老师，再投考警官学校。因为年长，警校的同学都尊他为“龙头”，毕业后投入警界，一些员警私下称他“王老师”。王进旺2006年1月底就任后，拟订“安海项目”，受到时任“行政院长”苏贞昌的肯定。2008年5月，新任“行政院长”刘兆玄通过发言人史亚平宣布，现任“海巡署长”王进旺留任。据称，刘兆玄两度留王进旺续任“海巡署长”，主因是肯定王进旺表现专业、称职。
战时纳入军事作战体系
2005年，时任“海巡署长”许惠佑在“立法院”就“战时纳入国防作战体系项目”报告时宣称，依据“行政院海岸巡防署组织法”第24条规定：“战争或事变发生时，依行政院命令纳入国防军事作战体系。”目前，海巡署岸际部队及舰艇，已分由台军作战区及海军总部纳入战时运用计划。平时也与台军“战情中心”保持密切联系。
许惠佑在报告中还声称，海洋巡防总局与海军总司令部签订有“海上任务综合支持协议书”，律定平时海巡署主要任务为海域执法，海军则为制海，双方彼此支持。自协议书签订以来，海巡署与“国防部”保持密切联系，并建立了紧急应变机制，以有效提升护渔成效，共同维护海域“主权”。近期，台日渔业纠纷迭起，海巡署执行专属经济海域渔业巡护任务，海军舰艇均依协议书规范协同执 行。
对于战时兵力运用规划，许惠佑称，海巡兵力将配合海军轻型兵力，对敌非正规运输具进行打击与迟滞；大型海巡艇则执行近岸打击、布雷任务。许惠佑还证实，在2005年8月实施的“汉光21号”演习期间，海巡署1800吨“伟星”舰已经安装了导弹、500吨“台北”舰也安装了布雷轨道，并就导弹发射及水雷施放进行了验证。同时，海巡署也配合“国防部”实施“汉光”、“联兴”等作战计划制定及兵棋推演。
海巡署虽然声称与台“国防部”合作良好，不过许惠佑在报告中也称，海巡署执法面积广大，以现有舰艇数量、人力、装备，执行法务已捉襟见肘，加上该署编制无类似军队的组织，没有能力实施相关作战训练，战时如有任务执行则更加困难。许惠佑担任海巡署长时，曾经计划纳编海军6艘主力舰艇，组成所谓的“主权维护项目任务特遣支队”，有“立委”质疑这项计划根本是海巡署在扩权、搞第二海军。最后只好不了了之。接着，海巡署又考虑接收海军除役的4艘“美”字号登陆艇，后经评估因相关船舶检验证书及接舰训练期程等问题，而暂缓办理。
装备几无战斗力
海巡署称，该署执法海域面积广达54万余平方公里，以现有巡防舰艇数目，在执行海域执法、海事巡护任务时，巡防实力明显不足，故积极争取并研议筹建大型巡防舰艇或替代方案。经多次争取后，台“行政院”终于编列新台币250亿元，规划于2009年筹建1艘3000吨级的多功能巡防舰，2000吨级大型救难船1艘，大型多功能巡防艇2艘，并陆续添购2000吨以上大型巡防舰。
另据台湾《中国时报》报道，由“行政院”委托民间造船公司兴建的两艘500吨级巡防舰“金门”号和“连江”号，2008年2月24日上午在高雄旗津码头举行成军典礼。当时主持成军典礼的陈水扁十分赞赏这两艘舰的性能，尤其是将推进系统由传统的螺桨式改为新型喷水式，创下台湾大型舰艇建造的先例。
“金门”号和“连江”号由高雄中信造船公司自行建造，斥资10亿元新台币。两舰最大特点是将推进系统由传统螺桨式改为喷水式，从而便于舰尾处加装一组辅助舵，增强抗横摇能力，提升航行稳定性。舰上武备包括20毫米机炮一门，12.7毫米机枪两挺，最大航速达到30节，续航力2200海里，可抗9级风浪。“金门”号和“连江”号在尾部安装有滑道用于收放小艇，于实施紧急救难任务时更具机动及安全性，喷水推进的稳定性也保证了收放小艇时的效率与安全。另外，舰上还采用数字式监控系统，医疗室、病房更采取独立隔离舱区，减低勤务人员感染机率，并适度调整执勤人员住舱空间，降低噪音，号称是一艘科技化及高性能的巡防舰。
然而，尽管作为台湾海军后备力量的海巡署动作频频，不仅新增加了舰艇，加紧在钓鱼岛海域护渔勤务，加大南海值勤图谋，但实际上海巡署的舰艇仍然比较落后，战斗力相当有限。就以所谓新锐舰艇的“金门”舰和“连江”舰为例，两舰服役后，分别拨给北部地区巡防局以及中部地区巡防局使用。北区机动海巡队队长洪世俊称，“连江”号拨给北区机动海巡队后，将接替船龄逾27年、耐浪性较差的“宝星”舰，负责海上巡逻任务。“金门”号则拨交中部机动海巡队，负责中部地区从中港溪到八掌溪之间、沿岸24里内的治安维护工作。但暂时不会汰换“台中”舰及“钦星”舰。
但使人不可思议的是，“金门”舰刚服役两个月，竟然在海上发生严重断锚事件。据称，“金门”舰2008年5月23日在乌蚯外海执勤护渔巡逻任务，当舰起锚准备开航时，重达数10吨的锚链及锚体突然应声断裂掉入海中，巨大的金属碰撞声响让舰上人员吓得大惊失色。“金门”舰的锚链一节就重达500公斤，锚体更重达数吨。这次损失锚链的造价约60余万新台币，锚体约40余万新台币，总计一次断锚就造成百万元损失。
事后，“金门”舰立即返回台中港进行检查，海洋巡防总局也立刻组成专案调查小组，并一度怀疑工厂偷工减料或质量不过关。而此事在事发后3个月，当局才让消息曝光。海洋巡防总局事后紧急将断裂的锚链采样送往台湾检验科技公司，以查明是否锚链材质及强度不符规格，但是检测报告却显示一切正常。由于新舰有2年的保固合约，因此当初承造的船厂立刻提供新的整组锚具换装。不过海洋巡防总局表示，断锚事件原本就很少发生，尤其是服役才两个月的新船竞发生这种事，实在令人匪夷所思，还会再深入调查。
新锐舰艇如此，“金门”、“连江”二舰之外的其他海巡署舰艇的战斗力更是可以约等于零。海巡署舰艇多半是由前关税总局移拨过来的旧舰艇。直属船队下辖的“台北”舰、巡护一号、巡护二号、巡护三号与巡护五号等舰艇，其中最大的巡护一号也只有800吨，最小的是巡护六号才131吨。
一人当三人用
海巡署不仅舰艇少，人员也紧张。目前，海巡署除了担负海巡任务外，在南沙太平岛、东沙岛和其它外岛都驻有海巡人员。2000年2月1日，海巡署正式接管南沙太平岛，设置了南沙指挥部，下辖有1个中队的岸巡兵力，并可得到南部地区机动海巡队的直接支援。同时，在东沙岛成立南巡局东沙指挥部，现有2个岸巡中队，人员2491人。由于人少，经常派不出上岛轮换的人员。
同时，海洋巡防总局长期以来面临船员严重不足的问题，在12艘大中型舰艇上，仅有430A的编制。为了繁重的勤务，必须“1人当3人用、数艘船共享船员”，严重影响护渔及查缉走私任务的执行。没有办法，最后只能“挖东墙补西墙”，也就是以法定最低的编制人员执勤，另外就是趁着船舰年修的时间，将船员调派到另一艘船上执勤，以补足“账面数字”。
目前台海洋巡防总局超过500吨以上的大型舰艇有14艘，其中只有两艘超过1000吨。根据编制，1000吨级以上的舰艇原本应该配置50位以上船员，最低不得超过35人。至于500吨以上、lOOO吨以下舰艇，不得低于30人。但是这两年来，每艘舰上实际执勤人数都只有30人左右，还要应付各种勤务甚至保养。舰上船员无奈表示，现在实在不知道要怎么执勤。以现有人数，只能维持一般船勉强出海航行，更别说要执行驱离或是护渔任务，甚至连船身的油漆都是船员自己挥汗的成果。
2009年6月中旬，台湾海巡署宣称，“近日，联合国为了解决各国领海主权纷争，提出了一项划界案，没想到却成为东南亚各国觊觎南沙太平岛主权的借口，5个月来，侵犯南沙海域的外国籍渔船高达500多艘，这一数字是整个2008年统计数字的两倍还多。不只越南渔船频频进犯，甚至连菲律宾都公开宣布把太平岛划入菲国领土。”台湾当局认为，这根本是无视南沙太平岛海域主权归属“中华民国”，台“外交部”今年以来三度发出声明稿抗议。
与此同时，台海巡署在东沙兴建了巡防艇码头，有9艘舰艇在东沙海域巡航。东沙指挥部上校指挥官刘国列宣称，由于南海为争议地区，东沙海域一向有包括大陆、越南、菲律宾的渔船进入，海巡署雷达须24小时监控，一旦有非台湾渔船驶入，立即派舰艇加以驱离。
马英九的海洋战略
似乎是为了配合保南沙的军事“外交”斗争需要，台军“汉光25号”兵棋推演刚刚结束，海巡署就于6月7日在高雄港又举行了“海安五号”实兵演习，以展现所谓的海事安全执行能量。
以马英九“蓝色革命、海洋兴国”口号为主题的“海安五号”演习，于当天上午在新光码头举办。演习共动员995人、各型巡防舰艇37艘、直升机8架，现场展示海巡救难相关装备32项。参演单位包括海巡署、空勤队、高雄港警局、海军陆战队以及中油大林炼油厂等21个单位。演习项目包括：陆上校阅与装备展示、海上暨空中分列式、特勤艇性能操演及海上综合演练4大项。其中海上综合演练假设恐怖分子于高雄世界运动会期间在高雄港挟持一艘游艇及一艘油轮，海巡署人员攻坚救出人质后，部分恐怖分子炸毁油轮意图同归于尽。相关单位随后展开海空联合应变综合演练，击毙恐怖分子、救出人质并进行海上救灾及除污，铺设拦油素防范海面油污扩散。
值得关注的是，马英九在参加“海安五号”演习时宣称，台湾是海洋“国家”，远洋渔业渔获量也排名全球前10名，未来将分两阶段逐步成立“海洋部”，统筹海洋事务及渔业相关业务。马英九称，成立“海洋部”是他的竞选政见，未来将分两阶段实现，第一阶段将先行成立海洋事务委员会，待发展成熟后，再进一步成立“海洋部”。马英九还称，台湾有必要建立海军之外的海上警察武力，现行海巡署最大舰艇顶多1800吨，添购2000吨以上大型巡防舰艇，维护海事安全及保障海外作业渔民安全，这个钱值得花。马英九声称，海巡人员是训练有素又专精的“劲旅”，拿得出来，也用得上，去年处理钓鱼岛渔事纠纷的能力及专业无懈可击，不仅深受岛内民众肯定，也获“日本肯定”。鉴于东印度洋等海域海盗猖獗，威胁台湾远洋作业渔民安全，海巡人员应随时准备好投入护渔行列，让渔民在海外作业除有海军可保护外，也能受到海巡人员的保护。
台湾海岸警卫队
台湾海巡署的全称是海岸巡防署，其前身为1958年5月戒严时期成立的、最大的情治机构警备总司令部，隶属于“行政院”。在戒严时期，警备总司令部是执行戒严任务权力最大的情治机关，充满阴暗、恐怖、神秘的色彩。1992年8月1日，台湾当局宣布开始裁撤警备总司令部，其主要职能也改为打击危害岛内安全及走私、偷渡等海上犯罪行为。1999年，当局提出建立海岸巡防专责机构的构想。2000年1月28日，警备总司令部与原“内政部”警政署水上警察局、“财政部”关税总局缉私舰艇队及台军参谋本部海岸巡防司令部等单位整合编成了海巡署，直属“行政院”。海巡署的成立可以说改变了台湾以往的海洋相关事权分散的局面。
海巡署下辖海洋巡防，总局、海岸巡防总局及空中侦巡队等单位，编制总员额21400余人。本署机关编制员额440人，设署长1人，副署长3人。署本部机关设勤务指挥中心、秘书室、人事处、情报处、巡防处、后勤处、通电资讯处、企划处、会计处、政风处等，另设法规委员会、海洋事务研究委员会及空中侦巡队等单位。海巡署除了机关及行政单位外，实际的海巡任务由海岸巡防总局以及海洋巡防总局分担。
海岸巡防总局管辖范围为台澎金马地区海岸白海水低潮线以迄高潮线起算500米以内的岸际地区及近海沙洲，分为北中南东四个地区局。北部地区巡防局原为台军北区海岸巡防部队，负责宜兰大浊水溪至新竹青天泉间的北部地区海岸，以及马祖、龟山岛、基隆屿、彭佳屿的海岸巡防工作。中部地区巡防局为原台军中区海岸巡防部队，负责新竹青天泉以南至嘉义八掌溪出海口以北的台湾中部地区海岸，以及金门、乌丘屿的海岸巡防工作。南部地区巡防局原台军南区海岸巡防部队，负责自嘉义八掌溪(含)以南迄塔瓦溪(含)以南的台湾南部地区海岸，以及东沙群岛、南沙群岛、澎湖群岛的海岸巡防工作。东部地区巡防局原为台军东区海岸巡防部队，负责屏东、台东交界塔瓦溪以北至宜兰大浊水溪以南的台湾东部海岸，以及绿岛、兰屿两离岛的海岸巡防工作。各地区局下分设总队或大队，总队大队则下设安检所，性质类似于警察机关的派出所。
现任海巡署长王进旺为1947年10月19日生人，“中央员警大学”行政员警学系毕业，台北大学犯罪研究所硕士。曾任县市警察局局长，“内政部警政署署长”，“国家安全局副局长”。王进旺因幼年家境不好，初中毕业后投考师专，当了3年的小学老师，再投考警官学校。因为年长，警校的同学都尊他为“龙头”，毕业后投入警界，一些员警私下称他“王老师”。王进旺2006年1月底就任后，拟订“安海项目”，受到时任“行政院长”苏贞昌的肯定。2008年5月，新任“行政院长”刘兆玄通过发言人史亚平宣布，现任“海巡署长”王进旺留任。据称，刘兆玄两度留王进旺续任“海巡署长”，主因是肯定王进旺表现专业、称职。
战时纳入军事作战体系
2005年，时任“海巡署长”许惠佑在“立法院”就“战时纳入国防作战体系项目”报告时宣称，依据“行政院海岸巡防署组织法”第24条规定：“战争或事变发生时，依行政院命令纳入国防军事作战体系。”目前，海巡署岸际部队及舰艇，已分由台军作战区及海军总部纳入战时运用计划。平时也与台军“战情中心”保持密切联系。
许惠佑在报告中还声称，海洋巡防总局与海军总司令部签订有“海上任务综合支持协议书”，律定平时海巡署主要任务为海域执法，海军则为制海，双方彼此支持。自协议书签订以来，海巡署与“国防部”保持密切联系，并建立了紧急应变机制，以有效提升护渔成效，共同维护海域“主权”。近期，台日渔业纠纷迭起，海巡署执行专属经济海域渔业巡护任务，海军舰艇均依协议书规范协同执 行。
对于战时兵力运用规划，许惠佑称，海巡兵力将配合海军轻型兵力，对敌非正规运输具进行打击与迟滞；大型海巡艇则执行近岸打击、布雷任务。许惠佑还证实，在2005年8月实施的“汉光21号”演习期间，海巡署1800吨“伟星”舰已经安装了导弹、500吨“台北”舰也安装了布雷轨道，并就导弹发射及水雷施放进行了验证。同时，海巡署也配合“国防部”实施“汉光”、“联兴”等作战计划制定及兵棋推演。
海巡署虽然声称与台“国防部”合作良好，不过许惠佑在报告中也称，海巡署执法面积广大，以现有舰艇数量、人力、装备，执行法务已捉襟见肘，加上该署编制无类似军队的组织，没有能力实施相关作战训练，战时如有任务执行则更加困难。许惠佑担任海巡署长时，曾经计划纳编海军6艘主力舰艇，组成所谓的“主权维护项目任务特遣支队”，有“立委”质疑这项计划根本是海巡署在扩权、搞第二海军。最后只好不了了之。接着，海巡署又考虑接收海军除役的4艘“美”字号登陆艇，后经评估因相关船舶检验证书及接舰训练期程等问题，而暂缓办理。
装备几无战斗力
海巡署称，该署执法海域面积广达54万余平方公里，以现有巡防舰艇数目，在执行海域执法、海事巡护任务时，巡防实力明显不足，故积极争取并研议筹建大型巡防舰艇或替代方案。经多次争取后，台“行政院”终于编列新台币250亿元，规划于2009年筹建1艘3000吨级的多功能巡防舰，2000吨级大型救难船1艘，大型多功能巡防艇2艘，并陆续添购2000吨以上大型巡防舰。
另据台湾《中国时报》报道，由“行政院”委托民间造船公司兴建的两艘500吨级巡防舰“金门”号和“连江”号，2008年2月24日上午在高雄旗津码头举行成军典礼。当时主持成军典礼的陈水扁十分赞赏这两艘舰的性能，尤其是将推进系统由传统的螺桨式改为新型喷水式，创下台湾大型舰艇建造的先例。
“金门”号和“连江”号由高雄中信造船公司自行建造，斥资10亿元新台币。两舰最大特点是将推进系统由传统螺桨式改为喷水式，从而便于舰尾处加装一组辅助舵，增强抗横摇能力，提升航行稳定性。舰上武备包括20毫米机炮一门，12.7毫米机枪两挺，最大航速达到30节，续航力2200海里，可抗9级风浪。“金门”号和“连江”号在尾部安装有滑道用于收放小艇，于实施紧急救难任务时更具机动及安全性，喷水推进的稳定性也保证了收放小艇时的效率与安全。另外，舰上还采用数字式监控系统，医疗室、病房更采取独立隔离舱区，减低勤务人员感染机率，并适度调整执勤人员住舱空间，降低噪音，号称是一艘科技化及高性能的巡防舰。
然而，尽管作为台湾海军后备力量的海巡署动作频频，不仅新增加了舰艇，加紧在钓鱼岛海域护渔勤务，加大南海值勤图谋，但实际上海巡署的舰艇仍然比较落后，战斗力相当有限。就以所谓新锐舰艇的“金门”舰和“连江”舰为例，两舰服役后，分别拨给北部地区巡防局以及中部地区巡防局使用。北区机动海巡队队长洪世俊称，“连江”号拨给北区机动海巡队后，将接替船龄逾27年、耐浪性较差的“宝星”舰，负责海上巡逻任务。“金门”号则拨交中部机动海巡队，负责中部地区从中港溪到八掌溪之间、沿岸24里内的治安维护工作。但暂时不会汰换“台中”舰及“钦星”舰。
但使人不可思议的是，“金门”舰刚服役两个月，竟然在海上发生严重断锚事件。据称，“金门”舰2008年5月23日在乌蚯外海执勤护渔巡逻任务，当舰起锚准备开航时，重达数10吨的锚链及锚体突然应声断裂掉入海中，巨大的金属碰撞声响让舰上人员吓得大惊失色。“金门”舰的锚链一节就重达500公斤，锚体更重达数吨。这次损失锚链的造价约60余万新台币，锚体约40余万新台币，总计一次断锚就造成百万元损失。
事后，“金门”舰立即返回台中港进行检查，海洋巡防总局也立刻组成专案调查小组，并一度怀疑工厂偷工减料或质量不过关。而此事在事发后3个月，当局才让消息曝光。海洋巡防总局事后紧急将断裂的锚链采样送往台湾检验科技公司，以查明是否锚链材质及强度不符规格，但是检测报告却显示一切正常。由于新舰有2年的保固合约，因此当初承造的船厂立刻提供新的整组锚具换装。不过海洋巡防总局表示，断锚事件原本就很少发生，尤其是服役才两个月的新船竞发生这种事，实在令人匪夷所思，还会再深入调查。
新锐舰艇如此，“金门”、“连江”二舰之外的其他海巡署舰艇的战斗力更是可以约等于零。海巡署舰艇多半是由前关税总局移拨过来的旧舰艇。直属船队下辖的“台北”舰、巡护一号、巡护二号、巡护三号与巡护五号等舰艇，其中最大的巡护一号也只有800吨，最小的是巡护六号才131吨。
一人当三人用
海巡署不仅舰艇少，人员也紧张。目前，海巡署除了担负海巡任务外，在南沙太平岛、东沙岛和其它外岛都驻有海巡人员。2000年2月1日，海巡署正式接管南沙太平岛，设置了南沙指挥部，下辖有1个中队的岸巡兵力，并可得到南部地区机动海巡队的直接支援。同时，在东沙岛成立南巡局东沙指挥部，现有2个岸巡中队，人员2491人。由于人少，经常派不出上岛轮换的人员。
同时，海洋巡防总局长期以来面临船员严重不足的问题，在12艘大中型舰艇上，仅有430A的编制。为了繁重的勤务，必须“1人当3人用、数艘船共享船员”，严重影响护渔及查缉走私任务的执行。没有办法，最后只能“挖东墙补西墙”，也就是以法定最低的编制人员执勤，另外就是趁着船舰年修的时间，将船员调派到另一艘船上执勤，以补足“账面数字”。
目前台海洋巡防总局超过500吨以上的大型舰艇有14艘，其中只有两艘超过1000吨。根据编制，1000吨级以上的舰艇原本应该配置50位以上船员，最低不得超过35人。至于500吨以上、lOOO吨以下舰艇，不得低于30人。但是这两年来，每艘舰上实际执勤人数都只有30人左右，还要应付各种勤务甚至保养。舰上船员无奈表示，现在实在不知道要怎么执勤。以现有人数，只能维持一般船勉强出海航行，更别说要执行驱离或是护渔任务，甚至连船身的油漆都是船员自己挥汗的成果。