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增强子作为顺式调控元件，在不受距离和方向的限制下，可以通过募集转录因子来控制转录调控。然而，尚不清楚p53是如何参与到肝癌和乳腺癌中的增强子网络中。首先，通过整合分析CAGE和GRO-seq数据，在HepG2细胞中总共得到14,286个转录稳定和不稳定增强子RNA(eRNA)的活性增强子。其次通过分析HepG2细胞中的p53ChIP-seq，共识别到218个p53结合的增强子(Enhp53)。结果表明Enhp53表达量和组蛋白修饰信号(H3K4me1，H3K4me2，H3K4me3，H3K9ac和H3K27ac)都显著高于Enhno-p53，表明p53参与调节增强子活性和染色质结构。通过分析来自ENCODE的124个TFChIP-seq，共有93个TF在Enhp53(例如GATA4，YY1和CTCF)上显著富集，表明p53可能与这些TF参与共同调节增强子。此外，通过分析小RNA-seq和RNA-seq，鉴定差异表达的438个miRNA和1,264个mRNA，通过整合3D基因组数据和基因组距离，共鉴定出26个Enhp53-miRNA和145个Enhp53-mRNA。最后,功能富集分析表明这些miRNA靶基因和mRNA显著地参与肿瘤生物学过程和信号通路，例如DNA复制，p53信号通路，乙型肝炎，粘着斑等。
与HepG2相似，通过整合多组学数据，识别了乳腺癌MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较特征，结果表明Enhp53的表达量以及组蛋白修饰信号H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac均显著高于未结合p53的增强子(Enhno-p53)。通过分析76种TF的ChIP-seq数据共发现了36个与p53协同调控增强子的TF，如GATA3、FOXA1以及DPF2。通过分析Nutlin处理前后的RNA-seq，在近端和远端两个层面上共识别了148对Enhp53调控的差异表达的靶基因，其中FOS基因受两个增强子调控并显著影响乳腺癌患者总生存时间。功能富集分析发现Enhp53靶基因在DNA损伤、细胞凋亡以及p53介导的肿瘤信号通路中显著富集。上述结果表明Enhp53与Enhno-p53存在显著特征区别，且p53通过协同其它TF共同结合在Enhp53上从而参与乳腺癌生物进程与信号通路中。
本文通过对肝癌和乳腺癌细胞中Enhp53特征以及功能进行研究，结果表明Enhp53具有更强的活性以及更强的TF结合能力。这一结论为进一步研究多种癌症多种细胞中p53的作用机制以及调控网络提供理论依据和方法基础。
与HepG2相似，通过整合多组学数据，识别了乳腺癌MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较特征，结果表明Enhp53的表达量以及组蛋白修饰信号H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac均显著高于未结合p53的增强子(Enhno-p53)。通过分析76种TF的ChIP-seq数据共发现了36个与p53协同调控增强子的TF，如GATA3、FOXA1以及DPF2。通过分析Nutlin处理前后的RNA-seq，在近端和远端两个层面上共识别了148对Enhp53调控的差异表达的靶基因，其中FOS基因受两个增强子调控并显著影响乳腺癌患者总生存时间。功能富集分析发现Enhp53靶基因在DNA损伤、细胞凋亡以及p53介导的肿瘤信号通路中显著富集。上述结果表明Enhp53与Enhno-p53存在显著特征区别，且p53通过协同其它TF共同结合在Enhp53上从而参与乳腺癌生物进程与信号通路中。
本文通过对肝癌和乳腺癌细胞中Enhp53特征以及功能进行研究，结果表明Enhp53具有更强的活性以及更强的TF结合能力。这一结论为进一步研究多种癌症多种细胞中p53的作用机制以及调控网络提供理论依据和方法基础。