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公共财政是国家或政府为弥补市场失效而进行的收支活动，是与市场经济发展相适应的一种财政运行机制。在以市场为资源配置主体的市场经济社会中，只有在市场失效的领域，政府及其财政才会介入。公共财政的基本职能包括资源配置职能、收入分配职能、调节经济职能及监督管理职能。中国财政改革的目标是建立公共财政体系，其实质要求新时期的财政政策和财政投入向各类地区提供基本公共产品，向各类社会阶层和百姓提供公共服务，并支持国家重要产业的发展。鉴于农业的基础性和弱质性，农民是我国最大的弱势群体，以及农村公共产品的严重缺失，因此，公共财政支持农业建设，这与中国财政改革目标是完全一致的，也是国家财政应该履行的重要职责。此外，随着国民经济发展，国家财政实力已大为增强，今后逐步加大对“三农”的投入力度也是有条件的。换句话说，在当前中国经济和财政步入新的发展阶段的情况下，国家财政从政策和财力上支持新农村建设已具备一定物质基础。同时，扩大政府投资规模，增加农业投入，着力加强农业基础设施建设，也是增加国内需求，贯彻执行积极财政政策的内在要求。
农业综合开发自1988年实施以来，坚持以财政资金为引导，综合运用各种投入，加强农业基础设施建设，提高农业综合生产能力；推进农业结构调整和农业产业化经营，促进农民增收；积极探索财政支农方式和机制创新，提高财政支农资金使用效益。农业综合开发已成为农业和农村工作的一个重要组成部分，成为财政支农的一个重要手段。本文主要采用定性分析和定量分析相结合、、理论剖析和实践总结相结合、研究和应用相结合等方法进行研究，在探讨公共财政的内涵及特征的基础上，主要总结和归纳了支持农业综合开发的基本情况、重大作用和主要成效，并对农业综合开发中长期发展的政策取向提出了相关意见和建议。
农业综合开发既是财政支持农业发展的一个重要手段，也是财政支持解决民生问题的一项重要措施，符合建设“民生”财政的要求；农业综合开发建立了有效的绩效评价体系，体现了建设“绩效”财政的要求；加强农业综合开发，与现行的“四补贴”政策具有互补效应。二十多年的实践表明，农业综合开发在改善农业生产条件，提高农业综合生产能力，支持农业产业化经营发展，促进农民增收，保护和改善生态环境，促进农业可持续发展，提高科技含量，推动农业科技进步等方面发挥了积极作用，取得了显著成效。农业综合开发之所以能取得显著成就，不仅得益于党中央、国务院和财政部的高度重视，得益于有关部门的大力支持和广大农民群众的积极参与，也得益于农业综合开发自身有一套比较完善的管理机制和行之有效的管理办法，从而确保了农业综合开发工作水平不断提高。主要是：坚持多元化的投入机制，坚持综合性的开发方式，坚持资金和项目管理的有机结合，坚持推进体制和机制的创新。
按照2008年6月召开的农业综合开发第二次联席会议精神，农业综合开发要紧紧围绕提高农业综合生产能力和促进农民增收，加大农业综合开发资金投入，更加注重支持粮食主产区建设，更加注重支持现代农业产业体系建设，努力提高土地产出率、资源利用率和农业劳动生产率，努力提高农业整体素质、效益和竞争力，促进农业可持续发展。同时，我们也认识到：资金投入与需求的矛盾比较突出；农业综合开发政策机制还有待进一步完善和创新；中低产田改造投资标准和建设标准与建设高标准农田的要求相比，还有一定的差距。
为了更好地适应新农村和公共财政体系建设的需要，农业综合开发中长期的财政政策取向主要包括：一、采取多种措施，调动地方财政、农民群众和社会力量投入农业综合开发的积极性，并引导和促进财政支农资金整合；二、完善以粮食主产区为重点的扶持政策；三、完善建设高标准农田的投资政策；四、完善农业产业化扶持政策；五、完善农业科技推广政策；六、完善引导支农资金统筹支持新农村建设扶持政策；七、完善进出有序的开发县管理政策；八、完善部门项目管理政策；九、运用市场手段创新开发运行机制，探索先建后补的民办公助机制，创新两类项目相互促进良性循环机制，探索实施项目新载体和资金扶持新机制，探索扶持农民合作购置和使用农机具的新机制，落实管护主体，建立权责明确的工程管护机制。