盐芥冷响应miRNA表达模式分析及tsA-miR396功能初探

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microRNA(miRNA)是一类不编码蛋白质、长度约为20-24 nt的内源单链RNA分子,是广泛存在于动物、植物和微生物等多种有机体中的非蛋白质的基因表达调控因子。植物miRNA的调控作用不仅涉及植物组织器官的生长发育、激素调节、免疫反应等生物学过程,并且参与植物对多种生物和非生物胁迫(如营养胁迫、干旱胁迫、盐胁迫、低温胁迫等)的响应。  盐芥(Thellungiella salsuginea)是与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)亲缘关系非常近的一种盐生模式植物。盐芥在受到冷胁迫后体内缺乏内生冰核因而具有抗寒性,未经冷驯化的盐芥可以在-13℃的条件下生存,冷驯化后的盐芥能够在-18.5℃的条件下生存。本研究分析了盐芥受到冷胁迫后体内部分保守的miRNA表达量变化情况,并对tsa-miR396的功能进行初探。  (1)利用实时荧光定量PCR方法检测的结果表明,盐芥受到4℃冷胁迫处理0、2、5、8、12、24小时后,9个miRNA家族(tsa-MIR160、tsa-MIR167、tsa-MIR169、tsa-MIR171、tsa-MIR172、tsa-MIR319、tsa-MIR396、tsa-MIR403、tsa-MIR408)成员的表达量均存在着不同程度的变化。tsa-miR160abc、tsa-miR171a和tsa-miR171 bcde在受到冷胁迫后表达趋势是在5h时下调,8h时上调,12至24 h时下调;tsa-miR167abc、tsa-miR169a、tsa-miR169bc、tsa-miR169deg、tsa-miR172abc、tsa-miR319a、tsa-miR319b和tsa-miR408的表达量在盐芥受到冷胁迫处理后下降;tsa-miR169f的表达量在盐芥受到冷胁迫处理8h后上升;tsa-miR396和tsa-miR403的表达量在盐芥受到冷胁迫后首先分别在2h及5h时上升,接着在8h时下降。  (2)由于miRNA的生物学功能主要取决于其靶基因的功能,因此我们利用在线靶基因预测软件psRNATarget预测冷胁迫后响应最为迅速的tsa-miR396的靶基因,结果得到25个靶基因。然后利用5 RACE(rapid amplification of cDNA ends)方法验证tsa-miR396的靶基因Thhalv10024915m,发现tsa-miR396对于靶基因Thhalv10024915m的切割位点分别在tsa-miR3965末端的第8个和第9个核苷酸之间、第10个和第11个核苷酸之间的位置,并且tsa-miR396对靶基因Thhalv10024915m的作用位点位于编码区。  (3)最后我们对tsa-miR396前体进行克隆,构建tsa-miR396前体过表达载体,为后续转化做准备,通过对过表达tsa-miR396的转基因盐芥进行耐冷性功能分析,以期为进一步全面、深入的探索盐芥miRNA应答冷胁迫的分子机制提供基础资料。
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