人参(Panax ginseng)和西洋参(Panax quinquefolius)copia-like反转录转座子反转座酶序列的克隆和分析

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本文作者利用Ty1/copia-like类反转座子反转座酶的保守位点设计引物,从人参和西洋参基因组中扩增得到长度为240bp左右的PCR产物.对扩增产物进行分离和克隆,并随机挑选了80多个克隆进行测序,结果得到了60个不同的序列.Blast X分析表明,这些克隆均为真实的反转录酶序列.根据序列比对,这些序列可分为7组以及单个的3组.这些核苷酸序列组内和组间均具有较大的差异,说明其核酸序列的高度异质性.这些序列中有47个是完整的,其余的有移码突变、终止子或二者兼有.Southern杂交结果显示了这些序列在人参和西洋参中的分布情况.甲基化分析表明这些序列在人参和西洋参中均被高度甲基化.
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