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本文主要研究在股权分置改革的背景下，我国机构股东1在控股股东与中小股东代理问题中的作用、参与公司治理的现状以及参与治理的效率，具体研究内容如下：
第一章对机构股东参与公司治理的国内外研究现状以及相关理论进行综述。首先总结了机构股东参与公司治理的理论研究文献，重点剖析有效监督、战略同盟、利益冲突以及无效监督四大假说。其次从机构股东对公司经营决策与策略的影响、对公司治理机制的影响以及对公司价值的影响三个方面评述了现有的实证研究文献，并分析了现有研究的不足。最后阐述了公司治理的相关理论，重点分析了委托—代理理论及该理论框架下的公司治理机制，为下文的研究奠定文献基础与理论基础。
第二章基于博弈论的角度，研究我国机构股东在第二类委托—代理问题中的作用。“一股独大”的股权结构导致我国存在严重的控股大股东侵害中小股东利益的现象，专业理财的机构股东能否有效监督大股东行为，保护中小投资者利益？本部分通过构建机构股东与控股大股东“掏空”行为的博弈模型探讨该问题，通过模型的推导与分析发现：机构股东是否采取监督策略取决于其判断公司治理状况好坏的概率，机构股东持股比率越高、持股时间越长越倾向于选择监督策略。机构股东监督是法制监督的补充机制，其监督有效性的发挥依赖于法律制度与监管制度的完善。
第三章通过机构股东参与治理的制度背景及机构行动案例的分析，评估我国机构股东行动的现状以及行动的障碍。在分析我国机构投资者发展的制度轨迹以及参与公司治理的制度变迁的基础上，主要运用事件研究法研究了神火股份可转债、万科地产公司章程修订以及清华同方、金牛能源股改三个机构行动的案例，找到了机构股东积极参与公司治理的直接证据，同时也发现了抑制机构股东作用有效发挥的重大因素——机构股东与控股大股东的合谋。基于机构股东行动的案例，本文认为：目前我国机构股东参与公司治理的阶段仍处于初级阶段，但机构股东越来越倾向于高调扮演“积极投资者”的角色是不争的事实，我国的机构股东已经通过行使股东投票权、提交股东议案的方式影响公司重大的筹资与投资决策，机构股东在公司治理中发挥了一定的作用。同时机构股东参与公司治理的内外部制度缺失、自身的代理问题、相关法律的限制以及与管理层的合谋是目前制约我国机构股东积极作用发挥的主要障碍。
第四章以机构股东持股比率超过5％的制造业上市公司为研究对象，实证检验了机构股东对高管薪酬机制的影响。股权激励机制推出后，上市公司高管的薪酬计划越来越受到人们的关注，机构股东是否能影响高管的薪酬计划？本部分通过机构持股与高管薪酬水平以及薪酬变动之间分年度的多元回归发现：2005—2006年机构股东持股比率与高管薪酬总额之间存在显着的正相关关系，而2007年机构股东持股比率与高管薪酬总额之间无显着的正相关关系，2005—2007年机构股东持股比率与高管薪酬变动之间基本无显着的相关关系。以上实证结果说明：目前我国的机构股东对制造业上市公司高管薪酬水平及薪酬结构还没有发挥积极的监督作用，但表现出偏好高薪酬激励的上市公司的选股特征，机构股东重视高管薪酬激励的效果，并通过“用脚投票”的方式表达对高管过度激励的不满。同时通过机构持股与股权激励之间的Logisit回归发现：2006年机构持股比率与上市公司实行股权激励的概率之间存在显着的正相关关系，说明基于股权激励能够提升公司价值的理念，机构股东积极支持上市公司实行股权激励机制，机构股东的存在能显着提高上市公司实行股权激励计划的概率。
第五章以托宾Q值作为公司价值的代理变量，考察了2005—2007年机构股东对制造业公司价值的影响。考虑到机构持股的内生性，在以流通A股占总股本的比率以及上市公司是否属于沪深300成分股作为机构持股的工具变量的情况下，对机构持股与公司价值进行了2SLS回归，实证的结果显示：机构股东持股比率与公司价值在1％水平上显着正相关，表明我国机构股东的存在确实能够提升公司的价值。
第六章研究结论与启示，研究局限与展望。