大肠杆菌YeaD和人源RPE的初步晶体学研究

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1.大肠杆菌YeaD的表达、纯化、结晶及其结构分析   Leloir pathway是体内半乳糖代谢的主要途径,这个途径通过三个步骤将乳糖被β-半乳糖苷酶分解产生的β-半乳糖转变成葡萄糖-1-磷酸,葡萄糖-1-磷酸又可通过葡萄糖磷酸变构酶转变成葡萄糖-6-磷酸,从而进入糖酵解途径。半乳糖变旋酶是Leloir pathway途径的第一个酶,它的功能就是把β-半乳糖转变成α-半乳糖,而后者才能通过Leloir pathway最终转变成葡萄糖-1-磷酸。大肠杆菌YeaD是半乳糖变旋酶超家族的成员,虽然该家族成员的催化活性中心相同,但底物结合口袋存在差异,YeaD的结构解析及其结构与功能关系分析将为揭示YeaD的作用机制提供重要的结构基础。   我们通过PCR的方法从大肠杆菌的基因组中获得了目的蛋白基因,并且把它构建到PET22B质粒中。重组蛋白被转化到Escherichia coli BL21(DE3)菌株中表达,目的蛋白通过Ni亲和柱和分子筛的纯化后可达到95%以上的纯度。在经脱盐和浓缩后进行晶体生长。采用悬滴气相扩散法在287K下进行晶体生长实验,最终获得了1.9A分辨率的晶体,并收集了晶体衍射数据。衍射数据经HKL-2000处理得到如下结果:晶体空间群P212121,晶胞参数为a=64.72?,b=97.32?,c=106.99?,一个晶体学不对称单位含2个分子,利用分子置换获得了晶体的初步相位,结构解析工作正在进行中。   2.D-核酮糖-5-磷酸-3-异构酶的表达,纯化以及初步晶体学研究   磷酸戊糖途径是体内葡萄糖代谢的一条支路,分为氧化和非氧化两个部分,非氧化部分的功能是在核酮糖-5-磷酸的基础上通过一系列基团转移反应,将核糖转变成果糖-6-磷酸和甘油醛-3-磷酸而进入糖酵解途径。D一核酮糖-5-磷酸-3-异构酶(RPE)的功能是通过转变碳骨架的立体化学构象来实现D-核酮糖-5-磷酸和D-木酮糖-5-磷酸之间的互变,而D-核酮糖-5-磷酸和D-木酮糖-5-磷酸的互变是细胞内的戊糖磷酸途径中非氧化途径的第一步反应,   我们从人脑的cDNA文库中克隆了RPE蛋白的基因,并在大肠杆菌表达并纯化了人源RPE蛋白。在纯化人源RPE蛋白过程中,我们意外发现它无法像其它同源重组蛋白那样通过Ni亲和柱来纯化,因为它遇到Ni离子会立刻变成沉淀,这个现象也同时发生在含有Zn离子和Mg离子的情况,但是这些沉淀可以用EDTA重悬,重悬的蛋白经过离子交换柱纯化后可以获得稳定的蛋白同二聚体。为了进一步确认这个现象和重组蛋白上所带的HIStag之间的关系,我们构建了一组质粒,分别为N端带HIStag,C端带HIStag,两端都带HIStag和不带HIStag四种,结果发现N端无HIStag的重组蛋白在大肠杆菌的表达系统里都形成了包涵体,只有N端带有HIStag的才能在表达后获得可溶蛋白。纯化的RPE蛋白采用悬滴气相扩散法在287K下生长7天获得晶体,晶体脱水后通过X-ray衍射获得了分辨率2.3?的晶体结构。晶体衍射数据用HKL2000处理得到如下结果:空间群是P21,晶胞参数:a=64.18?,b=130.78?,c=66.00?,β=113.40°,一个不对称单位含4个分子。利用分子置换获得了晶体的初步相位,结构解析工作正在进行中。蛋白中结合的金属原子利用原子吸收光谱进行了定量检测。
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