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我国医疗卫生体制的不健全和医疗卫生系统的市场化运作使得药品的流通过程繁杂而冗长，药品生产企业、各级代理商、医药代表、医生、医院等各流通环节对利益的诉求以及他们之间相互依赖、相互利用的关系直接导致了药品的高价格，药价经过它们的层层加码最后到达患者手中时与刚出厂的药价相去甚远，老百姓的“看病难、看病贵”成了社会上的普遍现象。关于解决“看病难、看病贵”现象的讨论一直在持续，最后的焦点集中在“医药分家”问题的解决上，社会各阶层普遍认为医、药之间的关系切断了，药价就不会再虚高，“看病难、看病贵”现象也就不存在了。至此，“药房托管”模式在南京市政府的大力推广下正式启动，目的就是实现“医药分家”。
“药房托管”模式的启动在南京市及周边的医疗市场掀起了轩然大波，各药品流通环节或多或少都受到了影响，有些受到了正面影响，有些受到了负面影响，有些基本不受影响。本文把药品流通环节简化为药品生产企业、医药公司、医院(医生)、患者，利用交易成本经济学的理论对药品传统流通模式和“药房托管”模式下的产权情况进行深入分析，对比两种模式之间产权的异同和可能发生的交易成本的异同。在此基础上，详细分析“药房托管”模式对各流通环节可能产生的正面、负面影响，指出不同类型的药品生产企业会受到相反的影响，数量众多的医药公司面临着洗牌的冲击，医院的态度由原先的抵制到现在的接受是因为收益不减反增。“药房托管”模式对药品流通各环节的影响主要是各环节在药品流通中的地位改变，并由此产生了环节之间的利益冲突，与原药品流通模式下的环节之间的利益冲突相比较，可以发现品牌药生产企业与医药公司之间的冲突最突出，也是因为模式的改变引起的，它们之间的冲突源于品牌药生产企业地位的下降、医药公司地位的上升而引起的依赖关系的变化。其他生产企业与医药公司、生产企业之间、医药公司之间、医药公司与医院有的是原流通模式下存在的冲突，有的是市场经济体制下普遍存在的冲突，有的不存在冲突。
“药房托管”模式意味着医疗行业生存环境的变化，各流通环节的企业都需要适应环境的变化才能得以生存。本文针对不同类型的生产企业，根据国内、国际不同的政策、市场环境，提出了多种应对策略。对于医药公司，提出了针对医院第一终端、药房第二终端、农村第三终端的三种策略，来对应不同类型的医药公司。此外，生产企业与医药公司之间的各种合作方式也能够起到帮助企业适应环境变化的作用。