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红树林是指生长在热带、亚热带地区以红树植物为主的潮滩湿地木本生物群落,是海洋和陆地的过渡带,属于典型的热带生态系统。红树林环境中的放线菌由于长期生存在强酸、湿润、高盐的特殊环境,形成了独特新颖的酶系统、代谢途径和适应机制,具有产生结构新颖且强生物活性的次生代谢产物的能力。因此,本研究拟以印度洋红树林沉积物为研究对象,经不同唯一碳源培养基和组合培养基分离,对红树林海洋放线菌多样性进行分析,并对分离的菌株进行生物活性评价。
本研究选用22种唯一碳源培养基(包括单糖、多糖、非糖物质)和12种组合培养基进行海洋放线菌进行分离。首次将海洋特征性寡糖——卡拉胶作为碳源用于海洋放线菌分离。从红树林样品中共分离海洋放线菌521株。经形态观察和16SrRNA基因序列分析,分离菌株共分布在放线菌纲7个亚目10个科的17个属,分别是马杜拉放线菌属、多态放线菌属、迪茨式菌属、微球菌属、库克氏菌属、小双孢菌属、小单孢菌属、野野村氏菌属、拟诺卡氏菌属、诺卡氏菌属、假诺卡氏菌属、红球菌属、糖单孢菌属、糖多孢菌属、链单孢菌属、链孢囊菌属、链霉菌属,并首次从红树林环境中分离得到链单孢菌属。经16S rRNA基因序列分析,有35个潜在新种。结果显示,印度洋红树林环境蕴藏着极其丰富的海洋放线菌资源,且有许多新资源未被挖掘。
对其中一个潜在新种YIM M10931T进行了包括形态学、生理生化特性、化学分类和基于16S rRNA基因序列进行系统发育分析等在内的多相分类研究,确定了其分类地位,属于马杜拉放线菌属的一个新种,被命名为Actinomadura sediminis.sp.nov.。
对213株试验菌株进行抗菌活性和产酶活性实验,其中有168株放线菌对至少一种指示菌有抑菌作用,有170株放线菌具有至少产生一种酶活作用。结果充分说明海洋放线菌是重要的生物活性物质的来源,且代谢产物具有多样性。