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应用SELDI蛋白质芯片技术对肿瘤标志蛋白的研究，在过去几年中获得广泛和迅猛的发展，我国也有近30个单位开展了此项研究。本论文选用CM10和IMAC30两种蛋白芯片对肺癌和胆管癌血清标志蛋白进行了筛选。首先对175例肺癌病人和43例正常人血清进行了蛋白质谱检测。通过BiomarkerWizardTM和BiomarkerPatternsTM软件分析，我们初步构建了一个可鉴别肺癌与正常人血清标志蛋白组合式样。进而对分子质量为11.6kDa的差异蛋白进行了较深入研究。该蛋白峰在肺癌病人血清中明显高于正常对照组(p＜0.01)，其表达水平随肺癌病人的临床分期逐渐升高。通过对全血清直接消化并结合interface及质谱技术初步鉴定出芯片上11.6kDa的蛋白峰为血清淀粉样蛋白A(SAA)。该结果通过免疫沉淀得到了进一步的证实。为了验证SELID芯片筛选到的差异蛋白的可靠性，我们采用了ELISA方法对上述部分血清样本进行了SAA表达水平的测定。结果表明ELISA检测的结果与蛋白芯片检测结果基本一致。上述实验结果表明SAA能很好地将肺癌病人和正常对照人群划分开，很可能发展成一个肺癌诊断和病情检测的指标。
在对60例胆管癌、60例良性对照和53例正常人对照血清进行检测时，共筛选出27个差异蛋白，其中有21个在胆管癌血清中表达量下调，6个表达量上调，进一步建立分类树的模型，根节点的差异蛋白为分子量8.9KM/Z，在胆管癌血清中高表达：另一个28KM/Z的蛋白在胆管癌血清中低表达。通过SDS凝胶电泳进行分离后ESI-MS/MS鉴定结果8.9KM/Z和28KM/Z差异蛋白分别为ApoA-Ⅱ和ApoA-Ⅰ。进一步采用免疫沉淀和WesternBlot确认了鉴定结果的正确性.进而我们采用ELISA方法对上述部分血清进行了ApoA-Ⅱ和ApoA-Ⅰ的表达水平的检测。其结果与蛋白芯片基本一致。并发现应用两者的组合式样进行划分时，可提高对胆管癌检测的敏感性和特异性。为了探究在胆管癌病人血清中高表达的ApoA-Ⅱ是否是肿瘤细胞产生并分泌入血的。我们采用免疫组化检测了胆管癌组织标本，结果发现ApoA-Ⅱ在胆管癌组织细胞中有表达，主要存在于细胞浆中。为了研究ApoA-Ⅱ对胆管癌细胞生长等影响，我们构建了真核表达载体将ApoA-Ⅱ基因导入ApoA-Ⅱ缺失表达的胆管癌细胞系HCCC9810细胞中。结果表明过表达ApoA-Ⅱ并没有使胆管癌细胞的生长速度和细胞周期发生明显改变，但双向电泳的结果分析表明过表达ApoA-Ⅱ可使与恶性肿瘤相关蛋白Translationallycontrolledtumorprotein(p23)显著上调。上述结果提示我们ApoA-Ⅱ虽然在胆管癌细胞中表达增高，但其单一因素的过表达并不足以促进肿瘤细胞的恶性程度增加，因此推测ApoA-Ⅱ可能在胆管癌发生或肿瘤细胞生长过程中处于较下游的调控作用，也可能需多基因的共同参与才能发挥作用。