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为推动高等教育大众化的进程，我国高等教育从1999年起，进入了大规模的扩张阶段，投入了大量的人力、财力、物力资源。但是，人们对高等教育资源需求的日益膨胀与高等教育供给相对短缺的矛盾仍然没有很好地解决。因而，运用科学合理的方法评价高校投入成本与产出效益显得尤为迫切和重要。 本文根据高校具有多投入多产出的特点，选用数据包络分析法(简称DEA)，评价高校的投入产出效率。本文先通过文献分析法，了解国内外数据包络分析方法的研究以及DEA方法在高等教育投入产出评价中的运用的研究，并通过定性研究，分析了高校的成本和办学效益，构建了DEA评价的投入产出指标体系。在本文的实证研究部分，一是从宏观上对我国高等教育1996-2008年的投入产出进行数理统计分析，并以每一年度为决策单元，对高等教育投入产出总体进行DEA评价，以反映规模扩张的规模效益情况;二是对样本高校的投入成本与产出效益进行DEA评价，选取覆盖我国东西南北的8所具有同质性的高校作为样本，根据指标体系选取相应的数据，运用DEA的CCR/BCC模型，计算出各高校在不同年度的综合效率、技术效率、规模效率，还对效率值作对比分析、趋势分析，探析了各高校效率的成因。 本文的研究发现，我国高等教育已达最适规模，规模效率提升空间有限;高校提高投入产出效率的关键是提升技术效率。并提出了三个建议:政府部门应创造合理的政策和制度环境，引导高校形成适度规模;高校工作重点应从规模扩张转移到提高质量上来;深化高校内部管理体制改革，实现资源的优化配置。