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随着长三角地区区域经济一体化趋势的加深，由地方政府自发形成的区域合作协调机制在长期的经济交往中逐步形成，并为推动区域协调发展发挥了积极作用。但是，由于“行政区经济”和“政绩合法性”等因素的影响，现有的协调机制已越来越无法适应区域利益帕累托改进的需求。在推进区域合作中，由于投入的成本已高出了潜在的预期收益，在某些领域的合作正在遇到越来越大的阻力。所以，进行制度创新以获得潜在制度利益就成为了长三角协调发展的必然选择。
在这种背景下，本文将通过研究和借鉴国内外各种区域合作机制的实践经验，在深入分析长江三角洲城市群现有区域合作机制所发挥的作用和存在的问题的基础上，结合当前合作中所面临的新形势和新机遇，研究提出本区域内以政府行政引导为基础，多种协调力量参与的开放式、创新性的合作机制框架结构，并提出下一步完善区域合作协调机制的有关建议。
全文共分五个部分：
第一章绪论，阐述本文选题背景和意义，研究思路和方法，并对相关理论进行综述。在这章里首先对西方区域协作理论进行梳理，主要阐述了城市联盟/网络理论、新区域主义理论和区域管治理论等多个主要理论的观点。然后着重收集整理了国内区域公共管理领域实证研究的成果。
第二章为长江三角洲城市群经济合作的必要性。首先对长三角地区的地理概念作了界定，即本文研究的长三角地区是以上海为核心城市，包括江苏省的无锡、苏州、扬州、南京、南通、泰州、常州、镇江八个地级市，浙江省的宁波、舟山、杭州、绍兴、湖州、嘉兴、台州七个地级市，总共16个城市。并通过城市间相互作用的模型论证15个城市与区域内核心城市有着很强的经济关联度。通过分析长三角地区的发展现状，发现发展过程中存在的问题，从而引出建立区域协调机制的必要性。
第三章长三角区域内现有的协调机制与问题。通过分析长三角区域内现有的这些区域协调机制的运行模式，依次为国家层面、省市层面、城市层面、次都市圈层面和其他机制。总结各自的优点和不足，为构建新型的经济全球化背景下的长江三角洲城市群合作协调机制提供实证基础。
第四章是长江三角洲城市群经济合作协调机制的创新。在这章中，重点介绍了超国家层面的协调模式(欧盟)、国家层面的协调模式(英国)、都市圈层面的协调模式(多伦多、纽约和东京都)。然后在借鉴这些协调模式的基础上，设计出符合当前长三角城市群发展需求的协调机制。这一章的创新点在于：1、提出建立包含中央政府—地方政府—专业机构—公众在内的多元化协调机制，为不同层级地方政府间利对话、交流、碰撞、直至走向融合构筑一个协调的平台；2、提出建立多方筹资成立的区域公共发展基金为长三角地区较大投入的公共项目提供资金保障。3、在区域协调的常设机构下设立了专业委员会，使市场的诉求找到一个有效的途径进入政府的决策机制中。
第五章是结论和建议。在这章中总结出三点结论：第一，推进区域合作的机制结构必须合理。第二，要有责任明确的区域合作推进常设机构。第三，要使市场力量更多的介入到区域协调机制中来。同时，还提出了保证这套创新性的城市合作制度正常运作的两项建议。一是进一步完善行政契约保障，二是尽快启动立法保障。