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中国义务教育财政体制面临着重大挑战，特别是区域之间生均经费差异性问题严重。本研究以生均预算内事业费、生均公用费以及生均公用费占事业费的比重为指标，考察了北京市郊县义务教育经费分配使用的公平性。
研究发现，在生均公用费的差异上，初中阶段小于小学阶段；而生均事业费的差异则是初中阶段较大。三个指标的差异性在总体上均呈扩大趋势，并且生均公用费的相对差异大于生均事业费的相对差异。对比上海市的情况，发现上海市三个指标的差异性均小于北京市，并且在北京市同类指标差异性扩大的同时，上海市的差异性在逐年缩小。
通过对经费使用结构的分解，发现在初中阶段，生均事业费的差异主要是由于生均公用费的差异造成的；在小学阶段，生均事业费的差异主要是由生均人员费的差异引起的。但是从最近几年的情况来看，无论是普通初中还是普通小学和农村小学，生均公用费正越来越显著的成为造成生均事业费差异的主要原因。进一步研究造成生均经费差异性的经济、教育发展因素，发现当地人均财政支出的差异性、人均GDP、人均教育支出等对于差异性有显著的正向影响，而政府对义务教育投入的努力程度对于差异性有负向影响。
基于上述研究，本文探讨了目前义务教育财政体制存在的主要问题。发现义务教育经费投入不足、三级公共教育经费分配比例不当以及各级政府的义务教育投入责任划分不合理是造成当前这种区域差异性的体制原因。据此，本研究提出了解决经费分配差异性的对策，并重点讨论了政府间转移支付方案。通过对北京市数据模拟，发现转移支付方案效果明显，操作简便易行。