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科学研究历经个人爱好到松散的学会、再到集体研究、最终至国家规模的大科学研究，在100多年制度变迁的历程中，科研职能逐渐在政府科研机构、企业和大学三大社会机构中实现了制度化。正是科学研究在大学的制度化，促进了大学中新的组织职能——科学研究的发展，以及一种新的高等教育机构类型——研究型大学的诞生。基于研究型大学在国家创新体系中知识创新主体地位确立的研究背景，以组织分析的制度主义为理论基础和分析框架，以制度环境变迁和组织行为变迁的互动为主要脉络，运用制度分析、文献梳理、案例分析和历史研究等多种方法，对中西方研究型大学科学研究的制度化及变迁加以探析，进而对大学科学研究的持续发展，以及中国大学向世界一流大学迈进均有重要的理论与现实意义。 研究型大学科学研究的制度化及其变迁，一方面形塑了大学内从资源配置、机构设置到组织文化等诸多方面的组织变迁，另一方面也影响着组织成员的某种行为，具有制度的特性，因而兼有组织变革和制度变迁的双重属性。有鉴于此，对这一研究论题的考察，比较适合于采取组织研究和制度分析交叉融合而形成的理论成果——组织分析的新制度主义来作为相应的理论分析框架。在此基础上提出研究假设:(1)制度环境的需求是研究型大学组织变革和制度变迁的基础;(2)制度变迁方向以制度环境的诉求方向为基础。在研究型大学科学研究的制度化及变迁过程中，合法性与效率得以共生;(3)中国研究型大学科学研究的制度变迁是一种自上而下的强制性变迁模式，并在制度环境和组织行为两方面的互动与衔接中得以体现。 科学研究的制度化及变迁贯穿于西方研究型大学形成与发展的全过程。以柏林大学为代表的德国模式，作为世界研究型大学的雏形，实现了纯科学研究在研究型大学的制度化。而这一变迁历程正是适应德意志抵御外侵、实现国家统一、民族振兴，以及投合国家主义和民族主义等思潮的基础上形成。以约翰·霍普金斯大学为代表，早期美国研究型大学群的创建，使得科学研究在研究型大学正式确立下来。这一制度化进程是美国社会经济发展、科技进步以及德国模式影响等多方面制度环境，（特别是非正式制度）变迁促动下的产物。以二战为转折点，美国研究型大学步入国家科研体系的核心，并实现了科学研究的强化发展历程。这一变迁历程，一方面（主要70年代以前）紧扣了战争需要、国防安全及军备竞争等国家正式制度的诉求;另一方面（主要是80年代以来），又投合了经济全球化、知识经济等浪潮及产业界发展的需要。世界研究型大学科学研究的制度化及其变迁体现出大学组织与制度环境的交互作用。同时，世界研究型大学科学研究的制度变迁从总体上看，主要经历了从非正式制度到正式制度的变迁过程。与此同时，不同国家大学科学研究的制度化进程体现出各方力量及其交互作用的差异性，以及各方力量相互制衡的制度共性。 中国研究型大学建设以20世纪90年代中期启动的“985工程”和“211工程”为起点，历经二十余年的发展历程。但科学研究在大学的制度化却历经了曲折的制度化进程。在与西方研究型大学科学研究制度化表现出一些制度共性的同时，也表现出鲜明的制度特性。科学研究萌生于中国近代大学，中国社会各领域的近代化转型为科学研究在大学萌生奠定了制度基础。新中国成立以来，仿效苏联模式建立教育和科研管理体制，实行大学系统与科学院系统的双轨制改革，大学的科学研究失去了其存续的合法性基础，这也成为影响科学研究在中国大学制度化进程的重要历史因素。80年代以来的教育和科研体制改革，在实现科学研究在大学制度化的基础上，确立了市场机制引导的科研运行模式。90年代以来，在“科教兴国”战略和创新型国家建设背景下，“985工程”“211工程”启动，为科学研究在研究型大学的持续强化提供了政策保障和物质基础等宏观制度环境。作为制度嵌入性组织，在合法性与效率机制的共同作用下，形成的组织行为的变迁，即“以科研为中心”的组织结构、组织功能、组织目标等的转变，为科学研究在研究型大学的发展奠定了微观组织基础。与西方大学科学研究制度化进程相比，中国研究型大学科学研究的制度化的特征表现为:(1)在制度环境上，正式制度的决定性作用;(2)促动主体上，国家和政府的主导性;(3)变迁历程上，自上而下的强制性变迁;(4)变迁的方向上，权力中心的诉求方向。中国研究型大学科学研究的制度变迁体现了大学组织与制度环境的交互作用，也奠定了研究型大学组织行为变迁的制度基础。 在制度环境的促动作用下，研究型大学在组织目标、组织结构及组织行为等方面必然作出相应地调整，在创生出新的组织功能的同时，使大学组织呈现出新的发展趋势。在对中外研究型大学科学研究制度化的外部环境分析的基础上，进一步从院校层面上，对中国大学的组织行为变迁进行案例分析。以我国部属6所涉农（林）高校为案例，得出如下几方面的变迁趋势:首先，外部结构的变迁。通过2000-2010年论文发表情况的动态分析，证明了研究型大学科研职能强化过程中存在极化效应。通过对2007-2009年高校“一级学科整体水平评估结果”（第二轮）的静态分析，进一步验证这一极化效应的存在性。证明了中国研究型大学组织行为变迁中中形成了相应的“发展极”，即:科研强化过程中的“科学中心”。其次，职能关系的变迁。教学与科研职能的关系，在研究型大学的建设进程中，经历着融合共生到矛盾冲突动态历程，在高等教育大众化背景下，运用单产出规模经济模型得出:生均教育成本呈现规模不经济的“表象”，大学科研经费比重的逐年攀升与科研强度的不断提升是引发这一“表象”的主要因素。证明了中国研究型大学形成了以科研职能强化为本质特征的组织行为变迁，从而形成教学与科研职能关系现实冲突的“科研漂移”现象。第三，内部要素的变迁。内部要素变迁主要体现在教师结构、学生结构、研究项目、科研经费等变迁维度上，组织要素中的各变迁维度呈现“科研导向性”变迁方向。通过回归分析，得出:组织要素变迁是促进大学知识创新能力提升的重要因素。 科学研究制度化及其变迁中，大学自身呈现出的组织变革，具有正、负两方面效应，应当辨证地加以看待。因此，如果发挥科研职能制度化过程中，对研究型大学产生的积极效应，同时克服其负面影响，是中国高水平大学建设的关键环节之一。大学组织与制度环境两个层面的调整与完善成为中国大学发展的必然路径。在制度环境方面，政府应通过稳固物质基础、深化体制改革、整合外部关系等，不断完善政策机制对研究型大学建设和科学研究的促动作用;在大学组织方面，大学应在明确科研重要性的基础上，促进科学研究与办学特色的衔接、与人才培养的互动以及与学术权力的共生，进一步发挥组织在制度变迁中的积极作用。