【摘 要】
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随着高通量测序的发展,越来越多的研究发现成熟的microRNA(miRNA)并不是其前体pre-miRNA的唯一功能性产物,许多miRNA的突变体(isomiR)在植物抗逆方面同样起到了十分重要的作
【机 构】
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山地植物资源保护及种质创新教育部重点实验室,农业生物工程研究院/生命科学学院,贵州大学,贵阳550025,中国PlantFunctionalBiologyandClimateChangeCluster
【出 处】
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第十一届西南三省一市生物化学与分子生物学学术研讨会
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随着高通量测序的发展,越来越多的研究发现成熟的microRNA(miRNA)并不是其前体pre-miRNA的唯一功能性产物,许多miRNA的突变体(isomiR)在植物抗逆方面同样起到了十分重要的作用.针对isomiR研究的分析流程和软件如isomiRID、isomiRex、isomiRage、YM500等应运而生.虽然这些软件均为深入研究isomiR提供了很多便利,但在isomiR鉴定和功能性分析是或多或少仍存在不足,且许多分析工具并不支持植物isomiR的分析.为了填补这个空缺,开发了一款本地一站式isomiR分析软件isomiR2Function.该软件以小RNA测序数据为基础,能够对已知miRNA的突变序列进行很好的挖掘,并且内置了文库间差异表达分析,差异表达isomiR靶基因预测,靶基因功能性富集分析,以及不同文库间相同pre-miRNA上isomiR比例差异的KS-test检测.
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