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目的:明确南平市2008年手足口病肠道病毒的主要型别的感染情况,为防控提供依据,并对咽拭子、疱疹液标本的核酸检测结果进行评价.方法:收集2008年南平市手足口病患者482人,提取病毒RNA.采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对病毒RNA进行肠道病毒71(EV71)型和柯萨奇病毒16型(CoxA16)特异性核酸的检测.结果:482例患者标本中,其中EV71阳性率32.8%(t58例),CoxA16阳性率0.21%(1例).咽拭子、疱疹液的检出率分别为28.6%和34.7%.结论:手足口病疫情的病原主要以EV71为主,4岁以下儿童为高危人群.