【摘 要】
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目的 基于生物信息学方法,研究LINC00862在肝细胞癌(HCC)发生发展中的功能和作用机制.方法 从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载肝细胞癌(HHC)的RNA-seq数据及临床数
【机 构】
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中山大学附属第三医院感染性疾病科,广东广州510630;中山大学附属第三医院检验科,广东广州510630;中山大学附属第三医院肝脏病实验室,广东广州510630
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目的 基于生物信息学方法,研究LINC00862在肝细胞癌(HCC)发生发展中的功能和作用机制.方法 从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载肝细胞癌(HHC)的RNA-seq数据及临床数据,进行生存分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在肝癌组织和人肝癌细胞株中检测LINC00862的表达水平;通过R软件对LINC00862进行GO生物学功能富集分析;通过circlncRNAnet工具对LINC00862进行KEGG信号通路分析;通过circlncRNAnet工具预测与LINC00862直接结合的microRNA和蛋白,进一步通过Cytoscape软件进行展示.结果 TCGA数据分析提示,LINC00862在肝癌组织中显著高表达,且与HCC患者的预后负相关;其次,qRT-PCR进一步证实LINC00862在HCC组织和人肝癌细胞株中均为高表达;GO分析和KEGG分析提示,LINC00862可能与细胞核分裂、细胞器分裂、细胞有丝分裂等生物学过程相关,可能参与了脂肪酸代谢;cirelncRNAnet分析提示,LINC00862可能通过与hsa-mir-216b-5p或hsa-mir-4711-3p结合或与SRSF蛋白家族相互作用从而发挥功能.结论 生物信息学分析提示,LINC00862可能通过调控肝癌细胞的增殖从而参与HCC的发生发展.
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