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我国公立医院内部控制相对比较薄弱，医院对内部控制的认识还存在误区，缺乏统一的内部控制框架体系对医院内部控制建立和执行的指导，使得医院内部控制体系不完善、执行无力度、效果不明显。而医疗改革的深入推进、医院财务会计制度的实施以及医患关系的变化对医院内部控制提出了更新更高的要求。 本文在介绍企业内部控制理论发展的基础上，构建了公立医院内部控制的目标和框架体系，并运用该框架体系对Y医院的内部控制进行了系统分析，然后提出了Y医院内部控制的改进建议。本文认为，公立医院的目标是保证公益性功能的正常运转的同时创造收入以确保自己的生存和发展，其内部控制根本目标是促进医院战略的实现，具体目标基本与企业一致，也包括经营目标、报告目标、财产安全目标和合规性目标。 公立医院需要通过建立和完善治理机制、调整不合理的组织结构、加强文化建设等手段来完善内部环境;要从建立管理组织机构、制定管理流程入手来管理风险，并将风险预防作为主要的风险应对策略;要通过推行全面预算管理来统一医院总体目标层与各部门的目标，实现对医院各种经济业务活动的控制;还要充分利用信息技术来加强内部控制信息的收集和沟通;通过改善内部控制监督和评价来对内部控制进行持续改进。 本研究对于指导公立医院内部控制体系的建立和完善具有较大的实践意义，同时还丰富了公立医院内部控制理论的研究，具有一定的学术意义。此外本研究也能为政府部门制定医院内部控制规范、加强对医院经营活动的监管提供借鉴，具有政策上的意义。