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线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物，在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列，全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因，文昌鱼线粒体基因组共有3种基因排列方式，其中文昌鱼属和侧殖丈昌鱼属共有的基因排列与脊椎动物线粒体基因组的典型排列相比最为接近。因此，文昌鱼属和侧殖文昌鱼属线粒体基因组的基因排列方式代表了文