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养殖业所产生的大量排泄物已给环境卫生带来了很大压力，长期堆放的畜禽粪便易滋生大量的蚊蝇等害虫，蚊蝇带着各种病菌到处传播，给养殖业安全及从业人员健康带来严重的威胁。同时养殖污水对地下水的严重污染，破坏了生态平衡。目前国内养殖企业对养殖粪便的收集办法有垫床法、干湿分离法、水冲法等；收集后的治理办法有沼气工程、好氧发酵制作有机肥、污水综合治理等。