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在我国经济的不断发展和政府政务公开的趋势下，对政府绩效的评估已经越来越受到社会各界的重视，政府绩效审计的开展已然成为我国经济发展的客观要求。与美国、英国、加拿大、澳大利亚等已经开展绩效审计的国家相比，我国的政府绩效审计起步较晚，政府绩效审计理论与实务的研究成为当务之急。
自公共财政体制，部门预算制度运行以来，政府部门预算绩效审计问题是人们所关注的热点问题之一。人们也越发认识到我国实施绩效审计、开展绩效审计研究的中心环节在于在绩效审计内部，由其在政府绩效审计过程中必须有一个指导审计活动、衡量审计事实、鉴定绩效质量的指标体系，这就是绩效审计指标体系。绩效审计评价指标体系是管理部门或审计人员对实际效果进行衡量或评价的鉴定要点，是衡量政府部门所提供公共服务质量的尺度，是审计人员分析、评价并出具审计意见的依据。1999年6月1日，财政部等联合印发的《国有资本金效绩评价规则》、《国有资本金效绩评价操作细则》，以及同年6月29日财政部印发的《国有资本金效绩评价指标解释》(后均经修订)，都可以看成是绩效审计的配套法规。除此之外，目前尚无绩效审计的具体规定，审计人员还没有一个公认可接受的适用于各种情况的审计指标体系可供利用，在这种情况下，就造成了审计人员对绩效的评价无据可依，更会影响绩效审计的质量和审计结论的可信度。鉴于此，在当前财政体制下，政府部门预算绩效审计评价指标体系的建立具有重要的现实意义。然而，在体系构建之前，我们首要探索的是其构建的思路，这正是本文所要解决的主要问题。
本文共分四章：绪论、绩效审计基本理论、对我国政府绩效审计的现状及部门预算绩效审计指标体系的相关思考、政府部门预算绩效审计评价指标体系的构建。结论部分详细介绍了有关绩效审计的理论基础和基本理论：其次谈到我国政府绩效审计的现状及有关部门预算绩效审计指标体系构建的相关思考；最后提出了关于政府部门预算绩效审计指标构建的思路——从政府绩效审计的审计目标出发进行体系的构建，并结合当下的可持续发展理论，提出了可持续发展指标的涵义。在文章的结尾部分基于政府部门预算绩效审计指标体系的构建思路和基本内容的基础上提出了建立绩效审计指标仓库的建议。
第一章绪论部分对课题的研究背景、内容、目的作了简要说明，并指出本文的创新点。
第二章对政府绩效审计基本理论进行了诠释。绩效审计理论是在公共受托管理责任理论基础上发展起来的，而政府部门预算又与部门预算制度，公共财政制度攸契相关。本章的一个重要特点是各个理论之间的因果关系及其与绩效审计之间的渊源阐述得相当清楚。
第三章我国政府绩效审计的现状及有关部门预算绩效审计指标体系构建的相关思考，得出我国的绩效审计开展时间较短、范围较窄，由其是联系绩效审计理论与实践的关键环节——指标体系的构建问题一直悬而未决的现状，并初步提出了我国构建政府部门预算绩效审计指标体系的思路。
第四章是本论文的中心部分，主要是从绩效审计的审计目标出发研究政府部门预算绩效审计评价指标体系的建立思路，把经济性、效率性、效果性指标通过投入类指标、过程类指标、产出类、结果类指标等相互之间的关系得出，很好地解决了把绩效审计这一抽象综合性的审计理论，通过浅层次的指标之间的相互关系得以反映的问题，这是本文的主旨所在。最后，结合部门预算给出了绩效审计的常规指标。提出了构建政府部门预算绩效审计指标仓库的建设性意见。