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由于我国司法鉴定程序立法的严重滞后，导致司法鉴定活动基本上处于各自为政、各行其是的无序状态。三大诉讼法中虽有关于司法鉴定方面的规定，但规定和条款数量少，且仅是原则性规定，而没有涉及鉴定活动的具体程序，因而操作性很差，实践中难以准确地把握和执行。国家有关司法部门虽制定了一些调整司法鉴定程序的内部规定，但由于是部门内部规定，层次低且缺乏系统性和普遍约束力。在实践中具有明显的缺陷。导致多头鉴定、重复鉴定屡见不鲜。司法鉴定实际上处于无序状态。程序的混乱必然导致司法鉴定的公正性、科学性受到严重损害。因此，改革和完善我国的司法鉴定程序制度迫在眉睫。 鉴定的管辖是鉴定中最基础的问题，本文通过对全国人大常委会通过的《关于司法鉴定管理问题的决定》中关于管辖规定的分析，提出鉴定的管辖应依据一定的原则，并应将鉴定的管辖分为地域管辖、协议管辖、指定管辖和特别管辖。 鉴定的启动是司法鉴定程序的重要内容，通过对英美法系和大陆法系两大法系的了解，分析我国鉴定的启动制度的现状和存在的问题，提出了构建我国司法鉴定启动制度的原则，并规定不同诉讼中鉴定的启动有不同的主体提起，即刑事诉讼中公诉案件在侦查阶段由公安或人民检察院决定，在审查阶段由人民检察院决定，作为当事人的犯罪嫌疑人和被害人，有权就有关疑义事项向公安机关或检查机关提出启动鉴定的申请。民事诉讼依照“谁主张、谁举证”的原则，司法鉴定程序的启动，由当事人自行决定。行政诉讼中，依照举证责任倒置原则，作为被告的行政机关有权对司法鉴定的启动做出决定，作为原告的行政相对人如果愿意将诉讼中所涉及的问题启动司法鉴定程序，法律应该对其所拥有的司法鉴定申请权给予充分的保障。对鉴定启动权人的相关权利即选择鉴定实施者的权利、选择鉴定启动时间的权利、选择鉴定次数的权利给予阐述。 司法鉴定回避是鉴定中的一个主要程序问题，因其可能影响案件的公正鉴定，所以对鉴定的回避应予以明确规定和实施。本文通过对国外有关鉴定回避的了解，指出当前我国司法鉴定执行回避制度中存在的问题:回避的执行主体不规范;是否回避缺乏判断的标准和程序;驳回回避申请的决定缺乏法律救济措施，当事人无法充分享有提出回避的权利;鉴定人有法定回避情形而故意不回避，难以追究鉴定人的法律责任。针对这些问题，笔者提出一些完善司法鉴定回避制度的措施:对申请回避的时间加以完善，将鉴定人的情况尽可能早的告知对方当事人，为对方申请回避提供条件;对回避的对象加以完善，不仅鉴定人应当回避，有些鉴定机构也应当回避。规定鉴定人不履行回避义务的后果及法律责任。 司法鉴定的实施程序是司法鉴定程序的核心环节，是确保鉴定结论准确性的关键。目前我国司法鉴定程序的弊端主要体现在:鉴定受理方面，鉴定主体不合法，超范围受理;鉴定过程中，鉴定的方法、步骤、参照的标准、鉴定的时限无统一规定和规范;鉴定的文书制作无统一格式等。针对这种情况，笔者提出了完善我国司法鉴定实施程序的原则，即依法鉴定原则，客观真实原则，独立鉴定原则，鉴定公开原则，公正中立原则，并对完善我国的司法鉴定实施程序提出个人的观点。第一，鉴定的受理要规范，即委托书要有司法鉴定管理部门统一制作;鉴定机构接到委托书后根据多方面因素综合考虑是否受理，决定受理，给送鉴人签收鉴定受理书，拒绝受理，必须以书面形式出具拒绝受理理由书;鉴定资料的管理;鉴定资料的可靠性保障，规定刑事诉讼中原则上由侦查人员、审判人员亲自收取鉴定文书资料和鉴定资料，并应该对亲自收取的样本进行记录，由被鉴定人或被鉴定物持有人在记录上签名，收集的鉴定材料，应用文字、照片、录像等手段予以客观记载，收集的鉴定材料应提取原件、收取原物。第二，鉴定的具体操作过程应规范，根据鉴定对象的不同，制定不同的鉴定方案;鉴定人在法定情况下，有拒绝鉴定、中止鉴定的权利;对鉴定规定一个合理的期限。第三，制作规范的鉴定书。 随着最高人民法院推行以“举证、质证、认证”为中心的庭审制度改革以来，司法鉴定的质证程序成为一个重要问题日益凸显出来。在英美法系国家和大陆法系国家，鉴定人与一般的证人一样，都必须亲自出庭作证。我国三大诉讼法均规定:一切证据均需查证属实后，才能作为定案的根据，而目前我国的司法鉴定质证程序中，鉴定人出庭不出庭没有法定的界线标准，使得鉴定人能够亲自出庭作证的比例极低，导致鉴定结论的质证程序形同虚设。要完善我国的司法鉴定质证程序，首先要设立审前证据的展示程序，进一步保障当事人的合法权益。其次建立鉴定人出庭作证制度，规定鉴定人可以不出庭的几种特殊情况;最后是针对目前我国抗辩式的庭审方式，有必要借鉴国外的“专家辅助人”制度，在我国建立“专家辅助人”制度，这样一方面可以增强当事人对司法鉴定程序的参与性，另一方面是对鉴定结论审查机制的完善。 司法鉴定结论的认证，是司法鉴定程序的最后一部分，也是司法鉴定结论能否被采纳的最后一个环节。目前我国三大诉讼法中没有认证这一概念，但在实际判案过程中，“认证”二字是经常出现的，由于认证规则不完善，导致实际操作中各行其是。笔者认为，司法鉴定结论的认证首先要对认证的主体加以明确即只能是法官;其次是认证的标准要明确，司法鉴定结论的认证标准是“客观真实”;最后司法鉴定结论的认证方式是“当庭认证”。