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我国电子政务建设面临着缺乏整体规划、缺乏业务协同、信息孤岛和资源浪费等突出问题，“碎片化”问题日益凸显。如何破解这些问题，推动我国电子政务建设向更高层次发展，是当前电子政务建设面临的重要挑战。 整体性治理理论被认为可有效解决政府管理与公共服务中“碎片化”问题，同样可用于破解电子政务建设面临的难题。近年来在电子政务建设中兴起的顶层设计方法是整体性治理理论在该领域的具体实践。本文试图通过以海关信息化建设为例，以整体性治理视角对电子政务顶层设计进行研究。 本文首先对整体性治理和电子政务顶层设计的相关理论进行了简要概述，并对国内外应用实践进行了介绍，并分析了其优缺点。接着对海关电子政务建设的历史和现状进行了梳理，分析了现存的主要问题。最后，本文以海关金关工程二期建设为案例，从整体性治理的视角出发，以EA框架为模板提出了一个完整的顶层设计方案，并提出对策建议。因而，本文通过对一个政府部门电子政务顶层设计开展实证研究，为整体性治理理念在国内政府部门电子政务建设中的应用提供了有益的借鉴。