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在我国，水资源分布呈现极其不均匀现状，总体表现为南多北少的局面，这种分布状况与我国生产力布局极不相应，为提高我国生产力水平，我国从二十世纪五十年代就提出“南水北调”的设想，经过几十年研究，南水北调的总体局势确定为：分别从长江上、中、下游调水，以适应西北、华北各地的发展需要。南水北调工程是一项庞大的跨流域调水工程，是一项为调节我国水资源分布不均，缓解我国北方地区水资源严重短缺和生态环境不断恶化现象，促进北方缺水地区社会、经济和生态环境协调发展的重大战略性基础设施。南水北调工程建成后与长江、淮河、黄河、海河相互联接，将构成我国水资源“四横三纵、南北调配、东西互济”的总体格局。
南水北调工程分为中、东、西线三大工程，本文是以南水北调中线工程的调水源头丹江口库区及其上游流域为研究范围，丹江口库区及其上游水系丰富，包括有汉江、丹江两大支流在内的大小河流5394条，在众多支流中流域面积在1000km2以上的有21条，流域面积在100km2以上的河流有215条。丹江口库区及其上游流域涉及了湖北省、河南省、陕西省三个省的7个市43个县的区域，自从南水北调工程实施以后，为保证水源区丹江口库区水质达到国家Ⅱ类水质标准，实现“一库清水北送”的目标，一方面该地区为进行水土流失防护、生态环境治理等投入了巨大的资金，另一方面，为保证库区水质水量而进行的涵养水源的要求，削弱了该地区经济发展中的一些支柱产业，如十堰地区的黄姜种植和加工产业。限制了水源区的经济社会发展，加剧了该地区的贫困化程度。针对这一现状，对南水北调中线水源区实施生态补偿是十分必要的，促进水源区实现经济、环境、社会的可持续发展，从而确保一库清水北送。
丹江口水库及其上游流域作为南水北调中线工程的水源区，处于一个特殊的地理位置，既受湖北省、河南省、陕西省三个省的区域管理，同时该流域又属于水利部的派出机构--长江水利委员会的管辖范围，所以本文的研究区属于区域管理和流域管理相结合的地带。由于目前还没有形成一个有效的协调机制能将水源区的管理统一起来，所以在丹江口库区及其上游流域就存在着管理体制混乱的现状，这将阻碍水源区生态补偿的有效实施。本文拟研究南水北调中线工程水源区在实施生态补偿过程中的管理体制问题，从而完善水源区生态补偿机制。本文通过分析丹江口库区及其上游流域内的生态补偿现状，发现该研究区内管理体制方面的缺陷，在如何完善管理体制上，根据研究区的实际管理状况，提出了对丹江口库区及其上游流域创立行政性特殊建制--丹江口生态文明区的构想。具体的研究内容，总共分为四个部分：
第一部分是文章的绪论部分，阐明了本研究的选题背景、研究目的及意义。也对国内外的相关流域生态补偿、跨流域调水管理的文献做了综述，特别是关于跨流域调水管理体制的问题，为文章以下部分的问题研究做足了准备。
第二部分是对生态补偿概念的界定以及相关理论分析。本章节首先对生态补偿概念的介绍，在理解生态补偿含义的基础上，分析生态补偿相关的理论基础。由于生态环境的公共产品特性、有价值性和在使用中会产生外部性经济行为，故在水源区建立生态补偿机制是十分必要的。通过生态补偿运作机理的理论阐述，为发现丹江口库区及其上游流域在生态补偿实施过程中管理体制问题提供了理论依据。
第三部分是对本文研究区丹江口库区及其上游流域的水源区现状、生态补偿现状和水源区存在的主要问题做了阐述。通过对水源区现状的调研和分析，生态环境的破坏和社会经济发展受阻使得丹江口库区十分有必要建立生态补偿机制。通过丹江口库区生态补偿现状和水源区存在主要问题的实证调查和分析，发现丹江口库区生态补偿现状中存在的主要问题，即流域管理中的水资源管理体制问题，为下文管理体制问题研究埋下伏笔。从现行的水源区生态补偿问题入手，分析现存管理体制是阻碍水源区生态补偿有效实施的一个关键因素。分析水源区内的管理体制部门缺陷和相关行政机关领导体制缺陷两个方面的管理体制原因，来研究水源区内水资源管理体制问题，得出通过完善水源区的管理体制，即提出构建生态文明区的设想，来保障丹江口库区生态补偿的实施。
第四部分是对丹江口库区生态文明区这一管理体制创新的构想。从丹江口库区生态补偿实施过程中的管理体制问题分析，对水源区提出管理体制创新，在丹江口及其上游区域构想建立生态文明区。通过勾画生态文明区协调机制的框架及对协调机构的定位，实现丹江口库区管理体制创新。从流域管理协调机构的制度保证和经济手段作用等方面分析，得出丹江口库区生态文明区的设想是可行的。最后，回到本文研究的落脚点，通过这一管理体制创新完善水源区的水资源管理体制，达到水源区内生态补偿的有效实施，即提出完善生态补偿的政策建议。
文章的最后对论文的主要研究成果作了总结。