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美味牛肝菌Boletus edulis是牛肝菌科的一种，是世界四大名菌之一，是一种药食兼用的珍贵野生菌。云南省是美味牛肝菌最重要的主产区之一，但是由于近来不合理的采收、生存环境的破坏以及人工栽培技术的滞后，使美味牛肝菌的产量日益减少，遗传多样性逐渐散失，很容易使之成为濒危品种，但是却没有引起足够的重视，保护策略不完善和力度不足。
本文以云南省大部分主产区美味牛肝菌样品为研究对象，利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性现状及结构进行了分析，以期为云南省美味牛肝菌资源的可持续利用提供相关理论资料。论文主要研究结果如下：
于研究地点采集当年新鲜样品，40-50℃下烘干保存。每个地点选取10个子实体为研究对象，在实验前设计并优化ISSR-PCR反应体系，以期获得最佳实验效果的基础上，从40条ISSR引物中筛选出13条清晰且多态性高的引物进行实验，ISSR-PCR扩增总条带数为121条，其中113条为多态性条带，分析结果表明：
(1)云南美味牛肝菌物种水平上的遗传多样性水平很高，多念位点百分率PPB=94.21％，平均每个位点的有效等位基因数Ne=1.7048，Nei’s基因多样性指数H=0.3905，Shannon多样性信息指数Hsp=0.5656；在各居群水平上，遗传多样性偏低，PPB=75.86％，Ne=1.5007，H=0.2851，Hpop=0.4203。
(2)云南美味牛肝菌居群内的遗传分化较居群间的遗传分化更高。根据Shannon’s多样度指数的分析结果得出Shanon’s居群分化系数(Hsp-Hpop)/Hsp为0.2569，即表示有25.69％的遗传变异分布于居群间，74.31％的遗传变异分布于居群内部；基于居群的基因多样性Nei’s分析，味牛肝菌总的基因多样度指数Ht为0.3906，居群内基因多样度Hs为0.2851，可得出居群问遗传分化系数Gst为0.2702，居群内遗传变异占72.98％；另外对美味牛肝菌居群遗传变异的AMOVA分析也表明云南美味牛肝菌居群内的遗传分化大于居群间。
(3)居群间基因流Nm为1.3503，并非远大于1，群体间基因流有限。地域差异是引起遗传距离差异的重要原因之一，居群间遗传距离与地理距离有一定正相关关系，但并不完全。美味牛肝菌资源已然受到很严重的人为影响，需及时保护。云南省美味牛肝菌具有丰富的遗传多样性，ISSR标记技术可用于美味牛肝菌遗传多样性分析。