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柔性分子如寡糖的分子动力学模拟和相对刚性的生物大分子如蛋白质的模拟有着很大的区别.围绕这一问题,研究人员在论文中开展了以下三方面的研究工作.第一部分研究了寡糖RX系列分子的不同构象之间的跳跃时间尺度.研究人员发现寡糖分子内部明显存在着不同时间尺度的运动,而且即使是长时间尺度的运动在模拟时间上也是研究人员的模拟所能承受的.第二部分研究了寡糖分子在分子动力学模拟过程中的时间相关性问题.研究人员的研究表明具有支链的寡糖分子在分子动力学模拟过程中糖环内和糖环间以及糖环间和糖环间存在着比较强的偶合左右.第三部分研究了限制性分子动力学模拟方法对柔性分子的模拟可能引起的问题.对于柔性分子而言,限制性分子动力学方法明显给出构象遗漏或构象污染的结果.