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【研究背景】
据统计，流行性感冒(简称流感)的季节性流行在全世界每一年有5％-10％的成人和20％-30％的儿童罹患，致使300万至500万重症病例和25万至50万病人死亡。流感特别是新发的、突发的高致病性的人禽流感，如：H7N9、H5N6、H5N1等对人类健康及社会经济造成危害更是重大，因此流感的临床特征及预防控制研究意义重大。
1、2016年广州地区流行性感冒的分子流行病学及临床特征研究
【研究目的】
(1)了解广州地区2016年流感病毒的基因变异情况，探讨其遗传进化特征，为流感疫苗选择提供更多的科学依据。
(2)了解不同流感患者的临床表现、病毒载量和排毒时间以及流感患者临床表现和病毒载量的相关性。
【研究方法】
(1)收集2016年广州地区流感样患者(ILI)咽拭子标本，经荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(rRT-PCR)确诊并初步分型，并对标本进行MDCK分离培养和鉴定。选取培养阳性标本提取核酸，通过RT-PCR扩增病毒血凝素1(HA1)基因和神经氨酸酶(NA)基因进行测序，采用MEGA5.05软件对序列进行系统进化分析。
(2)对其中的18例高危组和9例低危组流感患者进行动态监测，采用rRT-PCR的方法测定患者咽拭子标本病毒载量，同时对患者进行流感症状评分，观察病毒载量及症状评分的动态变化，并进行统计学分析。
【研究结果】
(1)2016年共收集流感患者160例，其中甲型流感(简称甲流)70例(65例H1N1、1例H3N2、4例未分型)，乙型流感(简称乙流)90例。2016年流感从1月初开始出现，3月开始流行，4月达到高峰，5月初开始逐渐减少消失。
(2)分离的H1N1病毒共有22株，除了A/Guangzhou/44/2016(H1N1)以外，所有的病毒株均集合成一簇，所有分离株逐渐远离2009-2017年WHO推荐的疫苗株A/California/7/2009(H1N1)，而与WHO推荐的2016-2017年其中一株候选疫苗株A/South_Africa/3626/2013(H1N1)亲缘最近。与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比，我们的分离株的HA1共有18个氨基酸位点发生变异，其中，S162N、K163Q、S185T、S203T个位点位于抗原决定簇上，且4个位点均发生在所有分离株上。
(3)在分离的43株乙流病毒里，Victoria系共34株(79.1%)，Yamagata系9株(20.9%)。分离的Victoria系病毒抗原性与2009-2011年WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008亲缘最近，分离的Yamagata系病毒与2015-2016年WHO推荐疫苗株B/Phuket/3073/2013亲缘最近。Victoria系HA1氨基酸变异位点显示，与B/Brisbane/60/2008相比，分离株的HA1共有12个氨基酸位点发生变异，其中I127M、I147V位于抗原决定簇，而相比于B/Phuket/3073/2013，分离的Yamagata系病毒株HA1共有5个氨基酸位点发生变异，其中L202Q位于抗原决定簇。
(4)本研究分离的甲型H1N1流感病毒和乙型流感病毒NA基因均未发现神经氨酸酶耐药位点。
(5)高危组排毒时间显著高于低危组(7.3±2.3天vs5.3±0.7天，P=0.004)。
(6)流感患者临床症状在发病第2天达到高峰，然后逐渐好转，而病毒载量从发病第1天开始逐渐下降，两者呈线性相关。给予奥司他韦抗病毒治疗后，患者临床症状及病毒载量均下降，治疗初始阶段症状下降速度比病毒量下降速度快，两者呈正相关，有统计学意义。
【研究结论】
(1)广州地区2016年流行的甲流病毒以甲型H1N1为主，与WHO推荐的疫苗株相比已发生变异。
(2)广州地区2016年流行的乙流病毒以Victoria系为主，优势流行株与WHO的疫苗株推荐不一致。
(3)流感重症高危人群排毒时间较低危组明显延长。
(4)在患者流感发病过程中，其流感症状评分与病毒载量存在显著相关。
2、一起甲型H1N1流感病毒院内感染调查及基因序列分析
【研究目的】
分析广州医科大学附属第一医院一起甲型H1N1流感院内爆发的疫情和原因以及血凝素基因(HA)序列及神经氨酸酶基因(NA)序列分析。
【研究方法】
收集2016年1月21日至2016年2月1日广州医科大学附属第一医院有流感样症状患者的临床资料，采集患者咽拭子，用实时荧光定量RT-PCR方法检测初步分型，RT-PCR扩增HA及NA序列，TA克隆后测序并拼接出开放阅读框(open reading flame，ORF)；从NCBI数据库下载2009年-2015年WHO公布的甲型H1N1流感病毒疫苗株HA及NA基因序列进行分析，采用MEGA软件对其进行种系发生树的构建。
【研究结果】
共收集流感样症状患者8例，其中男5例，女3例，年龄43.1±10.0岁，所有患者均在住院期间出现发热、乏力、头痛症状，其中5例患者发热前72小时内曾行纤支镜检查。采取咽拭子标本7例，实时荧光定量RT-PCR均确诊为甲型H1N1流感病毒，4例病毒分离培养阳性，扩增并测序获得HA和NA基因ORF，比对后发现4株病毒同源性为100%，与近年流感病毒疫苗株序列比对后发现所有序列同源性较高，为A/California/7/2009类似株。6例患者给予奥司他韦抗病毒治疗，5例进行隔离治疗，全部患者均好转出院。
【研究结论】
此次流感院内感染爆发病毒来源为同一株流感病毒，不排除病毒来源为纤支镜室，早期诊断治疗以及有效隔离是处理流感爆发的关键措施。
据统计，流行性感冒(简称流感)的季节性流行在全世界每一年有5％-10％的成人和20％-30％的儿童罹患，致使300万至500万重症病例和25万至50万病人死亡。流感特别是新发的、突发的高致病性的人禽流感，如：H7N9、H5N6、H5N1等对人类健康及社会经济造成危害更是重大，因此流感的临床特征及预防控制研究意义重大。
1、2016年广州地区流行性感冒的分子流行病学及临床特征研究
【研究目的】
(1)了解广州地区2016年流感病毒的基因变异情况，探讨其遗传进化特征，为流感疫苗选择提供更多的科学依据。
(2)了解不同流感患者的临床表现、病毒载量和排毒时间以及流感患者临床表现和病毒载量的相关性。
【研究方法】
(1)收集2016年广州地区流感样患者(ILI)咽拭子标本，经荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(rRT-PCR)确诊并初步分型，并对标本进行MDCK分离培养和鉴定。选取培养阳性标本提取核酸，通过RT-PCR扩增病毒血凝素1(HA1)基因和神经氨酸酶(NA)基因进行测序，采用MEGA5.05软件对序列进行系统进化分析。
(2)对其中的18例高危组和9例低危组流感患者进行动态监测，采用rRT-PCR的方法测定患者咽拭子标本病毒载量，同时对患者进行流感症状评分，观察病毒载量及症状评分的动态变化，并进行统计学分析。
【研究结果】
(1)2016年共收集流感患者160例，其中甲型流感(简称甲流)70例(65例H1N1、1例H3N2、4例未分型)，乙型流感(简称乙流)90例。2016年流感从1月初开始出现，3月开始流行，4月达到高峰，5月初开始逐渐减少消失。
(2)分离的H1N1病毒共有22株，除了A/Guangzhou/44/2016(H1N1)以外，所有的病毒株均集合成一簇，所有分离株逐渐远离2009-2017年WHO推荐的疫苗株A/California/7/2009(H1N1)，而与WHO推荐的2016-2017年其中一株候选疫苗株A/South_Africa/3626/2013(H1N1)亲缘最近。与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比，我们的分离株的HA1共有18个氨基酸位点发生变异，其中，S162N、K163Q、S185T、S203T个位点位于抗原决定簇上，且4个位点均发生在所有分离株上。
(3)在分离的43株乙流病毒里，Victoria系共34株(79.1%)，Yamagata系9株(20.9%)。分离的Victoria系病毒抗原性与2009-2011年WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008亲缘最近，分离的Yamagata系病毒与2015-2016年WHO推荐疫苗株B/Phuket/3073/2013亲缘最近。Victoria系HA1氨基酸变异位点显示，与B/Brisbane/60/2008相比，分离株的HA1共有12个氨基酸位点发生变异，其中I127M、I147V位于抗原决定簇，而相比于B/Phuket/3073/2013，分离的Yamagata系病毒株HA1共有5个氨基酸位点发生变异，其中L202Q位于抗原决定簇。
(4)本研究分离的甲型H1N1流感病毒和乙型流感病毒NA基因均未发现神经氨酸酶耐药位点。
(5)高危组排毒时间显著高于低危组(7.3±2.3天vs5.3±0.7天，P=0.004)。
(6)流感患者临床症状在发病第2天达到高峰，然后逐渐好转，而病毒载量从发病第1天开始逐渐下降，两者呈线性相关。给予奥司他韦抗病毒治疗后，患者临床症状及病毒载量均下降，治疗初始阶段症状下降速度比病毒量下降速度快，两者呈正相关，有统计学意义。
【研究结论】
(1)广州地区2016年流行的甲流病毒以甲型H1N1为主，与WHO推荐的疫苗株相比已发生变异。
(2)广州地区2016年流行的乙流病毒以Victoria系为主，优势流行株与WHO的疫苗株推荐不一致。
(3)流感重症高危人群排毒时间较低危组明显延长。
(4)在患者流感发病过程中，其流感症状评分与病毒载量存在显著相关。
2、一起甲型H1N1流感病毒院内感染调查及基因序列分析
【研究目的】
分析广州医科大学附属第一医院一起甲型H1N1流感院内爆发的疫情和原因以及血凝素基因(HA)序列及神经氨酸酶基因(NA)序列分析。
【研究方法】
收集2016年1月21日至2016年2月1日广州医科大学附属第一医院有流感样症状患者的临床资料，采集患者咽拭子，用实时荧光定量RT-PCR方法检测初步分型，RT-PCR扩增HA及NA序列，TA克隆后测序并拼接出开放阅读框(open reading flame，ORF)；从NCBI数据库下载2009年-2015年WHO公布的甲型H1N1流感病毒疫苗株HA及NA基因序列进行分析，采用MEGA软件对其进行种系发生树的构建。
【研究结果】
共收集流感样症状患者8例，其中男5例，女3例，年龄43.1±10.0岁，所有患者均在住院期间出现发热、乏力、头痛症状，其中5例患者发热前72小时内曾行纤支镜检查。采取咽拭子标本7例，实时荧光定量RT-PCR均确诊为甲型H1N1流感病毒，4例病毒分离培养阳性，扩增并测序获得HA和NA基因ORF，比对后发现4株病毒同源性为100%，与近年流感病毒疫苗株序列比对后发现所有序列同源性较高，为A/California/7/2009类似株。6例患者给予奥司他韦抗病毒治疗，5例进行隔离治疗，全部患者均好转出院。
【研究结论】
此次流感院内感染爆发病毒来源为同一株流感病毒，不排除病毒来源为纤支镜室，早期诊断治疗以及有效隔离是处理流感爆发的关键措施。