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在解放后的几十年时间里，中国的合作医疗在解决农民基本医疗需求、减轻农民医疗负担方面发挥过重要作用，被世界卫生组织称之为中国农村卫生医疗服务的“三大法宝”之一，成为世界上较低收入发展中国家发展医疗保障的范例，在国际上备受推崇。随着社会发展和时代变迁，农村合作医疗辉煌不再，农民也因此失去医疗保障，医药费用的上涨速度远远超过了同期农民的收入增长幅度，“因病致贫、因病返贫”问题日益突出，成为制约农村经济和社会发展的重要因素。
为减轻农民医药费用负担，提高农民整体健康水平，促进城乡协调发展，2002年10月，《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确指出：要“逐步建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”。2003年，国务院召开部际联席会议，将浙江、湖北、云南和吉林等4个省作为重点，在全国陆续展开试点工作。截至2010年年底，全国开展新农合的县(市、区)由2004年的333个增加到2678个，占比93.7％，参合农民从1.79亿增加到8.52亿人，参合率达96.3%①。参合农民就诊率和住院率均明显提高，就医经济负担有所减轻，新型农村合作医疗制度得到农民群众的广泛拥护。实践表明，新型农村合作医疗制度对于促进农村卫生事业的改革和发展，促进农村经济和社会的协调发展，保持社会稳定，建立中国特色社会主义保障体系具有重要意义。
但是，新型农村合作医疗制度也面临着管理体制权责不明，筹资机制不稳定、效率低下，补偿方案不尽合理，立法监督不力，卫生资源与农村医疗需求不适应，管理成本高等困境等问题。这些问题的存在严重制约着新型农村合作医疗制度的可持续发展，必须采取有效措施加以解决和完善。
本文简要回顾了我国农村医疗保障制度的历史进程，在调查基础上分析了现行新型农村合作医疗制度的优缺点，提出了新型农村合作医疗制度可持续发展的对策：第一，积极探索新农合管理运行体制变革；第二，加强卫生服务体系建设，提高医疗管理服务水平；第三，加快新型农村合作医疗制度的立法与监督。