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本研究选择6月龄的重庆山地黄牛(CM)及其F1代群体海福特杂种牛(HC)、利木赞杂种牛(LC)、黑安格斯杂种牛(BC)、红安格斯杂种牛(RC)、西门塔尔杂种牛(SC)各30头,应用甲基敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplifiedpolymorphism,MSAP)方法测定了牛耳组织DNA甲基化含量,比较了亲本与子代及不同杂交组合间DNA甲基化含量的差异,并结合生长发育性状资料进行了相关分析,为揭示杂种优势的分子机制提供理论依据。1、选择10对引物组合,采用MSAP方法,通过对牛耳组织的基因组DNA扩增,共得到扩增条带约2万条。CM的总甲基化水平为40.03%,全甲基化水平为27.03%,半甲基化水平为13.00%:RC、SC、BC、HC和LC的总甲基化水平分别为33.10%、35.67%、34.36%、34.07%和37.31%,全甲基化水平分别为22.53%、24.58%、23.09%、22.73%和25.63%,半甲基化水平分别为10.57%、11.08%、11.27%、11.34%和11.69%。杂交后代群体的总甲基化水平、全甲基化水平和半甲基化水平都低于亲本,且都以全甲基化为主。2、采用单因素方差分析方法分析和比较亲本与子代及不同杂交组合间甲基化水平差异是否显著。在总甲基化水平间,CM与HC、SC、BC、RC,LC与HC、BC、RC差异极显著(P＜0.01),CM与LC差异显著(P＜0.05);在全甲基化水平间,CM、LC与RC、BC、HC差异极显著(P＜0.01),SC与RC、CM差异显著(P＜0.05);在半甲基化水平间,CM与SC、RC、BC、HC差异极显著(P＜0.01),CM与LC差异显著(P＜0.05)。另外,各种引物组合在亲子代及杂种后代间扩增的片段表现出一定的差异,经配对数据t检验分析,CM与SC、RC、HC达到显著水平(P＜0.05)。3、利用SPSS11.5统计学软件,采用Spearman等级相关对甲基化含量与生长发育性状资料及杂种优势率进行了关联分析:CM及其杂交后代群体甲基化水平高低与肉牛胸围、体重极显著负相关(P＜0.01),与体斜长也存在显著负相关(P＜0.05)。甲基化水平与胸围、体重杂种优势率存在显著负相关(P＜0.05)。