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当前我国正面临经济高速发展所带来的对建设用地过度需求与生态和耕地保护之间的激烈矛盾。如何协调好三者之间的关系，不仅关系到土地利用规划未来的成败，更影响到我国经济社会的可持续发展的前景。本文从基本农田划定角度出发，在继承了传统的耕地质量评价的方法的基础上，充分挖掘基本农田在新形势要求下其他潜在功能，优化基本农田结构，缓解各方面矛盾，协调多方需求。基本农田由于具有国家最高法律形式上的保障，在土地利用结构中占有特殊而举足轻重的作用，合理的配置基本农田空间布局，可以在生态环境保护和建设用地蔓延隔离两大方面发挥重要功能。本文就基本农田综合质量、生态保持和建设用地隔离三方面首先进行理论分析，探讨各方面理论基础，然后提出耕地入选基本农田的总体思路与具体方法，最后结合海南省昌江黎族自治县的实际情况进行实证分析，论证该方法的可行性，并划定该区域的基本农田。
(1)从基本农田质量综合评价、生态保持评价和建设用地蔓延隔离评价三大角度入手，深入探讨其理论基础:基于土壤学理论、生产力理论和区位理论的耕地质量评价;基于生态经济理论和可持续发展理论的生态保持评价;基于结构—功能理论和城市精明增长理论的建设用地隔离评价。三者虽各自基于不同的理论基础，但是理论之间并非各自孤立，而是相辅相成，共同构成基本农田综合评价的理论结构体系。
(2)以上述理论体系为基础，提出基于多功能体系的基本农田划定方法。在借鉴传统土地评价方法的基础上首先构建适用于各自不同功能特点的评价指标体系，然后采用数学建模的方法，利用属性层次模型，计算各个评价单元的最终得分并各自制作等级评价图。在最终得分的基础上，先将生态保持功能等级图和建设用地隔离功能图进行叠加分析，形成生态与隔离综合等级图，并以此图为地图，以耕地质量为基础，按层次将满足标准的耕地依次入选基本农田。
(3)最后以海南省昌江黎族自治县为实例，充分利用土地利用二调数据、土地利用总体规划数据，农用地分等定级数据，以上述方法为理论依据，借鉴Arcgis的空间分析功能，精确划定区域基本农田，验证该方法的可行性。