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手足口病(Hand-foot-mouth Disease, HFMD)是一种儿童常见的传染病，可并发多种严重并发症，甚至导致死亡。近年来，我国手足口病疫情严峻并呈现逐年上升的趋势，使其成为严重影响我国居民生命和健康的公共卫生问题。针对手足口病对健康的威胁以及民众的广泛关注，本研究进行了以下两方面探索和分析。一方面，基于国内对HFMD的报道多集中于EV71(Enterovirus71, EV71)和CVA16(Coxsackievirus A16, CVA16)，针对病原谱中其他肠道病毒的流行特征和分子流行病学的研究还处于起步阶段，本研究于2009年3月至2013年7月期间，在重庆、山东、河南三个地区三家哨点医院开展HFMD疫情监测。通过长时间、大样本量、多地区的调查，全面了解HFMD病原谱和流行特征，分析重症HFMD的危险因素，重点阐明优势病毒株EV71, CVA16, CVA6，CVA10的分子流行病学特点。本研究共纳入HFMD住院患者2308例，肠道病毒阳性有2100例，阳性率为91.00%。共发现肠道病毒血清型23种，优势病毒株为EV71和CVA16，EV71检测阳性的有1311例，检出率为56.80%，CVA16有502例，检出率为21.75%；其次为CVA6(81例)和CVA10(105例)，检出率分别为3.51%和4.55%。此外还有19种较少见肠道病毒血清型，共占用3.07%。非条件Logistic回归分析发现低龄(≤2岁: OR=1.867，95%CI:1.317-2.646;2-4岁: OR=2.028，95%CI:1.417-2.902)、感染EV71（OR=2.900,95%CI:2.052-4.100)是重症HFMD的危险因素。分子流行病学分析显示，四年间我国流行的EV71优势病毒群一直为C4a，EV71病毒变异不大，基因型比较集中。CVA16同属于Bla和Blb亚型，并且与越南、日本、马来西亚等国以及我国的香港、台湾、深圳、上海等地区的病毒株亲缘关系较近，说明本地区的CVA16进化并不是独立的，而是与周边地区的病毒株共进化、共循环，造成了HFMD在亚太地区的流行。本研究获得的CVA6和CVA10病毒株均保持着高度的同源性，与其它国家的病毒株之间的遗传距离较远，特别我国的CVA6形成独立的进化分支，具有明显的地域分布特点，提示可能来源于同一传播链。同时，CVA10还具有一定的时间分布特点。另一方面，目前中国绝大多数肠道病毒的研究基于病人，而肠道病毒在正常人群中分布的流行病学信息较少。而该病毒传播途径复杂、病原携带和隐性感染比例大，为解决这个问题，本研究于2010年5月至10月在山东省济宁市开展了HFMD病例对照研究以了解肠道病毒在HFMD患儿及正常儿童中的分布。同时开展家庭内部的肠道病毒调查，阐明肠道病毒在正常人群中的流行病学特点。手足口病肠道病毒的阳性率在病例组明显高于正常儿童组(76.0%vs.23.2%, P<0.001)。EV71(43.7%vs.15.0%, P<0.001), CVA16(18.0%vs.2.8%, P<0.001)和CVA10(5.7%vs.0.8%, P=0.001)在HFMD儿童中的检出率高于正常儿童。其它肠道病毒血清型检出率在两组之间的分布较分散、均匀，且统计学无差异。在49组家庭中，22组家庭(44.9%)至少有一名家庭成员肠道病毒阳性。儿童的肠道病毒阳性率高于成人(28.3%vs.14.3%, P=0.037)。肠道病毒在父亲和母亲中分布无意义(12.24%vs.16.32%, P=0.56)。同时利用EV71阳性的HFMD患儿和正常儿童的891bp VP1全基因序列，构建系统发育树，显示它们具有较高的同源性并均属于同一进化支，C4a。总之，本研究阐明了HFMD病原构成及流行特点、流行规律，明确了四种主要肠道病毒血清型EV71, CVA16, CVA6, CVA10的基因特点。同时为肠道病毒在正常人群中的流行病学特点提供了数据。