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明末清初，天崩地解，革鼎变迁，政治、经济以及思想文化都发生着剧烈的变化。随着阳明心学的由盛转衰，实学思潮扑面而来，一批专注于自然科学、博物知识的思想家走向前台。他们在哲学的研究上，一改过去醉心于心性道德问题，而是把注意力转移到对宇宙的根本原理与客观事物的存在及其运动变化规律法则上来，天文学、数学、地理学等自然科学知识给予了应有的重视，从而顺应了自然科学由古代向近代转型的历史大势。方以智就是这一时期涌现出的具有代表性的思想家。方以智对自然知识的探究并不局限于具体知识本身，而是与哲学的思考紧密结合，即在对具体自然知识的考察中揭示出哲学的道理，对自然与哲学或科学与哲学之间的学术关联进行初步的但卓有成效的探讨，展现出一股新的学思气象。尽管其晚年转向了唯心主义，他的丰富的辩证法思想与形而上学观点错综交织，但其对自然哲学的贡献是值得我们加以肯定的。因此我们展开对方以智自然哲学的考察，无疑，具有重要意义。
本文采取文献法、比较研究法、历史与逻辑相统一的方法以及多学科综合研究的方法，以客观、丰富的史料为基础对方以智自然科学思想做一整体性与系统性的探讨，展现出方以智自然哲学思想的风貌与特色。正文共分为以下三部分:
第一部分:主要是阐述了方以智科学哲学思想形成的历史文化背景。方以智自然哲学思想的出现是与他所处的时代背景分不开的，文章从明清之际的社会政治、经济的变迁入手，着重分析了西学东渐，尤其是西方自然科学成果与思想的传入对方以智哲学思想的影响。同时对明清之际理学的衰微、实学的兴起也做了相应的分析，以凸显出方氏自然哲学思想的时代境遇和思想文化的发展趋势。
第二部分:集中阐述方以智自然哲学思想的主要内容。具体地说，主要表现在三个方面:一是方以智自然哲学的本体论基础。从自然哲学的角度出发，方以智的本体论主要着眼于对构成宇宙万物的物质实体的理解，因而他以“盈天地间皆物”基本立场，强调气、火的根源性与根据性。二是方以智自然哲学的核心认识。方以智是中国历史上对自然知识与哲学思考都具有浓厚兴趣的思想家。他与以往思想家尤其是理学家不同的是，在探讨科学知识的同时，还要概括出哲学的道理，体现出方以智自然哲学的思想特色。“质测”和“通几”便是方以智自然哲学中的一对最重要的范畴。三是方以智自然哲学的方法论体系。方以智的哲学在方法论上是辩证思维和实证思维混合物，他的哲学方法论体系，是以一二三、交轮几、统泯随为中心的。
第三部分:是对方以智自然哲学的评价。总的来说，从正反两个方面对方以智自然哲学的理论贡献及历史局限进行分析，并就其对近世学术的影响进行了阐释。任何符合时代发展的思想学说都有能供后人挖掘汲取合理的成分。方以智的自然哲学思想也不例外。但是再进步的思想，再完善的理论体系都不可能脱离那个时代的局限，都一定会存在理论的疏失与弊端。
本文采取文献法、比较研究法、历史与逻辑相统一的方法以及多学科综合研究的方法，以客观、丰富的史料为基础对方以智自然科学思想做一整体性与系统性的探讨，展现出方以智自然哲学思想的风貌与特色。正文共分为以下三部分:
第一部分:主要是阐述了方以智科学哲学思想形成的历史文化背景。方以智自然哲学思想的出现是与他所处的时代背景分不开的，文章从明清之际的社会政治、经济的变迁入手，着重分析了西学东渐，尤其是西方自然科学成果与思想的传入对方以智哲学思想的影响。同时对明清之际理学的衰微、实学的兴起也做了相应的分析，以凸显出方氏自然哲学思想的时代境遇和思想文化的发展趋势。
第二部分:集中阐述方以智自然哲学思想的主要内容。具体地说，主要表现在三个方面:一是方以智自然哲学的本体论基础。从自然哲学的角度出发，方以智的本体论主要着眼于对构成宇宙万物的物质实体的理解，因而他以“盈天地间皆物”基本立场，强调气、火的根源性与根据性。二是方以智自然哲学的核心认识。方以智是中国历史上对自然知识与哲学思考都具有浓厚兴趣的思想家。他与以往思想家尤其是理学家不同的是，在探讨科学知识的同时，还要概括出哲学的道理，体现出方以智自然哲学的思想特色。“质测”和“通几”便是方以智自然哲学中的一对最重要的范畴。三是方以智自然哲学的方法论体系。方以智的哲学在方法论上是辩证思维和实证思维混合物，他的哲学方法论体系，是以一二三、交轮几、统泯随为中心的。
第三部分:是对方以智自然哲学的评价。总的来说，从正反两个方面对方以智自然哲学的理论贡献及历史局限进行分析，并就其对近世学术的影响进行了阐释。任何符合时代发展的思想学说都有能供后人挖掘汲取合理的成分。方以智的自然哲学思想也不例外。但是再进步的思想，再完善的理论体系都不可能脱离那个时代的局限，都一定会存在理论的疏失与弊端。