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教育是社会主义现代化建设的基础，是国民经济发展的重要保障，高等教育更是强国之本、强民之本。高等教育专项资金是政府财政专项资金的重要组成部分，它有效使用不仅将体现公共财政资金和政府管理的绩效，更将有利于培养高层次的专门人才，有利于提高高校教学质量、科研能力，有利于提高高校的学科综合实力，促进高校的科学持续发展。
由于国家对高等教育投入的不断加大，高等教育专项资金的规模、种类也在快速增加，并且随着公共财政体制改革的不断推进，社会和公共部门对高校资金运行质量和效率的关注度也越来越高。但目前高等教育专项资金的管理仍相对薄弱，存在着管理不严，管理办法不够规范，以及难以确保专款专用等问题，以至不能实现既定的支出目标，直接影响了资金的使用效益。究其原因，缺乏一个相对体现公平合理的绩效评价指标体系，是一个重要的因素。因此，选择适当的模型，采用合理的方法，构建一个实用的绩效评价指标体系，客观评价专项资金的使用绩效，对促进高校专项资金管理和使用的科学性、有效性，对保证公共资源的合理配置，具有深刻的理论和现实意义。
本文大致可以分为三个大的部分共七章，它们之间存在着一定的内在逻辑关联。第一部分是为全文研究提供背景、现状分析，提出文章研究的意义与目的，从而为全文构建出研究的动机；第二部分是重点，是紧密围绕第一部分研究动机下的内容展开，着力回答选择何种方法模型，构建较为可行的高等教育指标构建模型；第三部分是全文的总结与展望，主要是对全文研究的结论作一小结，并在此基础上提出今后还需进一步探讨的问题。具体的三个部分的内容章节概要如下：
第一部分是绪论即第一章，主要阐述本文研究的出发点和落脚点，重点是综述与评析国内外研究的现状，从而为本文的研究明确研究目的、思路与创新点；
第二部分是全文的中心内容，是研究的主体。这一部分大致的逻辑思路是按照“寻求理论支撑——相关理论问题的界定与分析——适当的方法选择——绩效评价指标体系的构建——案例加以验证与实证”这一线条，安排五章的内容。这一部分从第2章至第6章共有5章：
第二章是本文研究的理论基础。中心内容是从公共财政理论和资金绩效评价理论这两大核心理论中，为高等教育财政专项资金的绩效评价寻求理论支持。教育财政专项资金是财政资金中非常重要的一部分，它同样属于公共财政的范畴，因而适用公共财政的有关理论；又因本文研究的关键是要对资金绩效构建评价指标体系，所以必须以有关绩效评价理论的研究为前提，针对高等教育专项资金的特殊性，对高等教育专项资金绩效评价的理论进行探索和阐述。
第三章是对有关概念的界定与高校专项资金绩效评价现状的分析，目的在于为绩效评价方法的选择和指标体系的构建，提供较为清晰的概念，把握教育财政专项资金的特点，发现评价的现实需求。总体看来，目前对高校专项资金的认识存在一定的误区，使用范围比较混乱，因此，本章首先结合前述理论基础，对高校专项资金的性质、用途等进行清晰的界定阐述，分析高校专项资金管理的现状，进而定位高校专项资金绩效评价的对象、目标和内容。
第四章是研究高等教育专项资金绩效评价的方法。本章在比较相关评价方法的基础上，将本文研究绩效评价指标体系构建的方法选择定位于“平衡计分卡(BSC)”与“层次分析法(AHP)”。第五章是本文研究的中心，是对高等教育财政专项资金绩效评价指标体系的进行设计。本章主要是借鉴财政支出绩效评价指标，针对高等教育财政专项资金的特殊性，充分考虑专项资金使用上的财务指标和非财务指标，长期指标和中短期指标的平衡，设计一套较为系统全面的高等教育财政专项资金绩效评价的指标体系。
第六章是案例验证与实证。本章主要是选择高等教育财政专项资金的某一类型的具体项目——实验室建设专项资金绩效评价的案例进行实例研究，一方面对第四、五章提出的方法和构建的指标体系进行详细的实例运用介绍；另一方面是从实证的角度验证本文基于BSC法构建的高校专项资金绩效评价指标体系是合理的、可行的。
第三部分为全文的最后一章，是立足于第二部分研究内容基础上的研究结论归纳，以及对需进一步研究问题的交代。
本文旨在分析和运用现有绩效评价理论支撑的基础上，借鉴财政支出绩效评价和企业企业管理财务综合绩效评价的经验，结合高等教育专项资金的特点，引入层次分析法，从导向性、考核性和改进性的原则出发，设计一个相对全面的、可比的、实用的高校专项资金绩效评价指标体系。
本文的研究预计突破的主要难题有三个：一是在全面分析已有的绩效评价相关理论基础上，选择适合高校专项资金绩效评价的基础理论和核心理论，为本文的研究提供支撑和指导；二是选择合适的模型与方法，设计科学合理的高校专项资金绩效评价指标，增强评价结果的可比性；三是通过案例对设计指标模型进行检验与实证，增强指标体系的可应用性。
本文的创新点主要在于应用上的创新，在具体评价指标设置上，结合高等教育专项资金的特殊性，充分考虑高等教育专项资金绩效评价上的财务指标和非财务指标，长期指标和中短期指标的平衡，并且在用层次分析法确定指标权重时，采用反馈式调查问卷的方法，来增加专家打分的科学性。