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陶寺遗址和二里头遗址是中原地区极其重要的大型遗址，是探讨夏文化和文明起源的两个重要地点。本研究将以15个陶寺遗址古代黄牛个体和15个二里头遗址古代黄牛个体的骨骼或牙齿样本为实验材料，用古DNA方法提取DNA，并对得到的mtDNA序列进行分析，确定其世系归属和单倍型，对中国黄牛的起源驯化、迁徙传播路径以及早期文明进行分析讨论。本研究从陶寺遗址15个个体古代黄牛样本得到13个个体的mtDNA高可变区序列，均为普通牛，只有一个为T4世系，其余12个均为T3世系，分属4个单倍型。从二里头遗址15个个体古代黄牛样本得到9个个体的mtDNA高可变区序列，均为普通牛，其中7个为T3世系，分属2个单倍型；其余两个分别是T2和T4世系。结合新疆小河墓地、青海长宁遗址以及内蒙古大山前遗址的古代黄牛mtDNA实验数据，均未发现瘤牛，普通牛在中国古代黄牛占据主要地位。结合现代中国瘤牛自南向北频率逐渐降低，推测印度起源的瘤牛由南面传入中国，且进入中原以及北方地区至少是在距今3500年前之后，晚于普通牛传入中国的时间。二里头遗址古代黄牛是五个遗址黄牛中唯一一个同时拥有T2、T3和T4世系的群体，比例分别为11%、78%和11%，而对中国地方品种现代黄牛mtDNA研究，对应的世系比例为8.9%、81.2%和9.9%，并且唯有二里头黄牛的所有单倍型在中国现代地方黄牛品种个体中存在并且广泛分布，表明经历数千年的时间，中原地区古代黄牛的基因稳定地遗传下来。也在一定程度上揭示以二里头遗址为中心的二里头文化对中国早期文明的重要贡献并延续不断，为二里头遗址与夏的都城关系提供新的思考视角。小河墓地古代黄牛11个个体mtDNA分属7个单倍型，呈现极其丰富的遗传多样性，且有分享建立者世系的个体存在，小河墓地黄牛群体历史更古老，具有欧洲谱系特征，揭示其与西亚的密切关系，结合考古学文化现象，西亚起源的黄牛应最早到达中国西北地区，然后继续向东扩散。根据大山前遗址、陶寺遗址和二里头遗址T4世系黄牛由北向南频率逐渐降低，西北地区的小河墓地、甘青地区的长宁遗址以及均未发现T4世系黄牛，北亚雅库特黄牛中T4世系超过50%以及现代T4黄牛独特的东北亚分布特点，均支持该世系起源于东北亚地区。结合体质人类学，古人及植物DNA数据，考古学文化，提出了黄牛传入中国的基本模式：中国黄牛有普通牛和瘤牛两大母系来源，近东起源的的普通牛经过欧亚大陆北方草原地带随着早期人群的迁徙进入新疆和北方草原地区，并继续向东和向南扩散至黄河流域；东北亚起源的T4世系黄牛向南扩散至中原地区。中原地区在距今4000年—3500年的时间，受到西北方向和北方的黄牛的交叉渗透影响，总之，中国黄牛迁徙传播方向大致为东进和南下。受到来自印度起源瘤牛北上的影响是在更晚的时期。