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胞内菌的治疗是目前临床医疗的难题之一。如结核分枝杆菌、沙门伤寒菌、嗜肺军团菌等胞内菌,它们通常寄生在人体吞噬细胞内,往往会对人体造成慢性持续性感染。当这些病菌侵染人体后会被吞噬细胞吞噬,但吞噬细胞不能像裂解大肠杆菌等非胞内菌那样将其杀死。例如胞内菌中的结核分枝杆菌已演化出了逃逸吞噬细胞裂解的机制,它通过阻止其所在吞噬泡的酸化进程,来阻止吞噬泡与溶酶体的融合。这样结核分枝杆菌就能长期寄生在胞内,并在人体免疫能力下降时侵染周围细胞。胞内菌的治疗主要是用抗生素等抗菌药长期疗法,大多数的抗生素等抗菌药治疗胞