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高等教育经费不足是全球高等教育发展面临的共同问题。出于对高等教育机构效率低下问题的日益关注，以及公平与效率的考量，世界各国出现了调整高等教育财政拨款制度的趋势。就教育投资而言，进入大众化初级阶段的中国高等教育面临着严峻的挑战，而目前中国的高等教育拨款体制是不适应这个挑战的。中国大学拨款体制所面临的尴尬是：一方面，政府投资不足，高等教育属于“稀缺资源”，经费短缺依然是长期困扰高等教育发展的瓶颈之一；另一方面，有限的教育投资利用效率较低，浪费现象屡见不鲜，对办学水平低，质量不高，效益差的学校缺乏“硬”约束。目前的政府拨款方式对高校间竞争机制的引入激励不足，政府拨款基本上起到的只是“输血”的作用，而对高校提高成本效益、提高自主融资能力的激励不够。同时，政府拨款在缩小高校间固有的地区差距和历史背景而造成的不平衡方面，发挥的作用也不够。究其根源，还在于没有从根本上厘清政府与大学之间的关系。长期以来，我们都把高等学校当成所谓“事业单位”，使高等学校应具有的独特社会功能的独立办学法人品质，逐渐萎缩于僵化的“单位体制”之中，而“单位体制”中的“官本位”、“大锅饭”和“办社会”的制度缺陷必然造成上述成本效益上的惊人浪费。
而政府体制改革的推进为建立一个有序、高效与稳定的大学拨款制度提供了理论和事实上的可能。经过近二十年的探索，中国政府改革已经基本确立了目标方向和理论基础，即建立适应社会主义市场经济体制的“服务型”政府。政府改革的推进主要通过两个面向进行：一是政府职能的转变，重新构建政府一社会一企业之间的三元良性互动关系；二是政府治理工具的选择，改革传统的政府管理手段与方式，引入适应市场经济体制、契合“服务型政府”理念的新型政府治理工具。政府职能的转变为新时期重新审视和定位中国大学一政府之间关系提供了理论基础，政府治理工具的改革和创新则为新的大学一政府关系提供了现实的可能，这些恰恰是构建新的大学拨款制度的基石。本文从政府改革这一基础性背景出发，从政府改革进程中新型大学一政府关系的构建出发，在把握世界高等教育拨款制度模式发展趋势的基础上，力图探讨新时期中国大学拨款制度改革目标和模式选择，以期为中国大学拨款制度改革提供有益的指导。
本论文分为六章。作为导论，第一章主要就论文的研究方法和理论视角、资料收集途径和论文结构框架设计等方面做了必要的论证和说明。在此基础上，通过文献综述，提出了政府改革背景下大学与政府间关系的重新构建是大学拨款制度改革的逻辑起点这一命题。
第二章主要就大学拨款制度的理论基础进行了深入探讨。通过对高等教育这一产品属性的类型学分析，就高等教育的“准公共产品”属性及政府对高等教育所负有的财政责任进行了论证。在分析大学与政府间关系的历史演变和类型的基础上，就大学拨款制度的价值基础进行了深入讨论，提出大学拨款制度应当遵循“公平、效率和自由”的原则。
第三章探讨了政府改革与大学拨款制度之间的关系问题。20世纪80年代以来，面对日益严重的财政危机和信任危机，西方发达国家纷纷采取了以“新公共管理”(NPM)和“治理理论”为标杆的政府改革运动。削减公共开支和强化公共责任成为了各国“政府再造”的核心目标之一。在这种背景下，作为大学主要资助者的政府开始调整其与大学的固有关系，一方面放松对大学的管制，另一方面通过在对大学的拨款中引入更多的竞争性杠杆以促进大学改进效率、提升质量。
第四章就西方发达国家政府改革背景下大学拨款制度改革的实践进行了分析。通过对英国、美国、日本及德国等部分西方发达国家大学拨款制度基本框架的分析与比较，探讨了自20世纪80年代以来，在政府改革背景下这些国家大学与政府间关系的改革，并就西方发达国家大学一政府间关系改革的基本特点和发展趋势进行了比较分析。在此基础上，重点分析了各国大学拨款制度在大学一政府间关系转型之下所进行的改革实践，就其对我国构建现代大学与政府间关系及大学拨款制度改革的借鉴意义作了初步探讨。
第五章重点探讨了改革视野下的中国大学拨款制度。从中国现代意义上的大学建立以来，中国高等教育的发展经历了“政府主导下的多元发展”、“计划经济体制下高等教育集权式管理”及“改革开放后分权化改革”的阶段，在每一历史阶段，政府与大学之间的关系都体现出不同的特征，并进而决定着政府对大学资助和干预的方式与行为选择。建国后，中国高等教育财政体制经历了“中央统一财政与分级管理”、“地方负责与分级管理”的变革，中国大学拨款制度也从经历了从“基数加发展”模式向“综合定额加专项补助”模式的转变，近年来在国家预算制度改革的背景下，大学拨款制度也在试点“基本支出预算加项目支出预算”模式。在我国高等教育由精英教育向大众教育转变的背景下，论文对我国高等教育发展中的政府财政投入总量及拨款方式两方面详细考察了其存在的问题，认为政府财政性高等教育经费投入总量不足，政府财政拨款的增长远远低于同时期高等教育规模的发展；另一方面，当前我国的大学拨款制度存在事权财权不统一、拨款依据不尽合理、拨款程序缺乏透明度和公正性、拨款结构失衡等突出问题，这些问题的存在是未来我国高等教育发展的制度性障碍。
第六章对我国大学拨款制度改革的前景进行了初步的探讨。论文认为，我国大学拨款制度改革的目标应当是在服务型政府的指导下，首先清晰厘定政府与大学的关系，并在此基础上逐渐引入以绩效为导向的产出式拨款模式。而这需要在组织体制和法律制度方面进行创新：首先是基于府际关系调整的中央与地方政府高等教育投入体制的改革，建立基于分权化的高等教育投入体制。其次是基于政府一大学一社会关系调整的大学拨款组织体系的构建，通过建立高等教育基金会等拨款及评价中介组织，增加拨款的透明度，克服高校的成本最大化行为，提高资金的利用效率，提高高等教育质量。第三，基于政府责任的大学拨款制度法律体系的完善，通过制定《大学法人法》及《教育投入法》等相关法律法规，一方面为大学法人制度的建立和完善建立可操作性的制度规范，另一方面将政府对高等教育的投入数量、程序、方式，以及政府公共投入责任监管体系等，以法律的方式构建起规范化的制度体系。