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蛋白质组学是在蛋白水平上对整个器官、细胞或组织的基因组所表达的全部蛋白质进行总体分析，是后基因组学时代研究中最活跃的学科领域之一，已广泛深入到生命科学和医药学的各个领域，蛋白质是各种生命活动的载体，而比较蛋白质组学则通过对不同样品蛋白质表达水平的比较，在肿瘤多药耐药研究带来了新的思维方式和研究领域，它可以从组织或细胞蛋白质整体水平这一全新角度来研究肿瘤多药耐药机制。研究致病和化疗耐药机理领域发挥着广泛的应用。
卵巢癌是妇科疾病中常见恶性肿瘤之一，死亡率较高。在卵巢癌的化疗中顺铂是主要使用的药物之一。但由于肿瘤细胞多药耐药性(Multidrugresistance，MDR)的产生严重限制了其疗效的发挥。因此寻找卵巢肿瘤细胞中与耐药相关的蛋白质分子成为研究的主要目的。
本研究采用体外培养方法，以人卵巢腺癌细胞COC1和耐药亚株COC1/DDP为研究体系，探讨了药物剂量对卵巢癌细胞周期和凋亡率的影响，对蛋白样品进行了试剂盒定量和单向电泳预实验验证，应用高分辨二维凝胶电泳分离技术对人卵巢癌细胞株COC1及其耐药细胞株COC1/DDP中的总蛋白质进行分离和差异表达分析，并对不同pH范围的线性胶条的上样量、分离效果最佳条件进行优化。并用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)技术，对酶解蛋白质的肽质量指纹图(peptide mass fingerprint，PMF)进行测定，并依据二维凝胶上的表观pI和MW对数据库检索结果加以限制、分析，选择显著差异点的肽质量指纹谱图中若干个较强的单同位素峰进行数据库检索，结果发现在耐药亚株COC1/DDP细胞中有35蛋白质点差异显著，并通过相应的数据库成功鉴定19个蛋白质，在被鉴定出的差异蛋白中，有些蛋白是首次发现与耐药相关，包括ATPsynthase，enolase1，Cofilin1，dUTP pyrophosphatase，Aldolase CFructose-bisphosphate，Voltage-dependent anion channel VDAC2-human，peroxiredoxin1，heat shock protein70等，对个别差异蛋白进行了串联质谱研究。
此外，对醛缩酶C、过氧化物还原酶I等显著差异蛋白点进行串联质谱研究，并对各肽段进行氨基酸测序，并应用IPI-HUMAN数据库对上述检索结果进一步加以确认，为进一步研究该蛋白在肿瘤多药耐药的作用机制奠定了基础。总之，本论文利用蛋白质组学技术发现了许多与卵巢癌化疗耐药研究有关的靶蛋白，并且能够利用所鉴定的标志物的生物功能预测耐药机理。也能够发现大量新的蛋白质和药物靶点，从而加快药物研究开发的进程。