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我国政府十分重视现代转基因生物技术对农业发展的推动作用，在过去现在和将来都有着宏伟的发展计划。转基因抗虫棉作为我国首例实行大规模商业化的农作物，取得的成功引起了世界的瞩目。然而，转基因抗虫棉的效益是否得到了充分的利用，仍然存在一些质疑。本研究的总目标就是分别从农户层面、技术市场层面以及政府的相关管理政策层面，分析了我国在推广采用转基因Bt抗虫棉过程中充分利用技术潜力的影响因素。并就研究的结果，讨论其对于更加有效地利用转基因生物技术发展我国农业生产的政策含义。为此，本研究以2006和2007年的两轮农户调查、2007年河南、山东、河北三省的种子市场调查以及Bt蛋白检测等4套数据集为基础，综合运用统计描述分析和计量经济模型分析方法，对以上问题进行了较为深入的探讨。根据本文的研究结果，得出以下结论和政策含义。
首先，虽然转基因Bt技术已经全面推广，但是农户对于有效利用该技术的知识和信息仍然有限。这也是造成农户过量施用农药的重要原因。农户知识信息水平的提高将会显著减少杀虫剂的施用量。因此，农业技术推广体系需要加强农户虫害防治知识培训，从而进一步提高转基因生物技术的经济效益。
其次，种子行业的商业化改革的确消除了种子市场的垄断，引入了竞争机制，然而，当前的种子市场的规范、整合和透明程度仍然较低，农户难以利用市场价格等信息判断种子的质量信息。市场一卜种子质量的不确定性，造成了农户并没有随着种子行业商业化改革的推进而越来越多地利用市场获取种子和技术，自留种的采用比例一直居高不下，且略有上升势头。造成这种现象的原因，事实上和当前种子市场的特征密切相关。商业化改革一方面使地方种了市场上经营单位的增多，使农户购买种子的便利性大大提高，鼓励了农户的市场参与；另一方面，品种的不断翻新，在市场缺乏监管和信息透明度的状况下，会使农户的品种搜寻成本大大增加，从而抵消了市场竞争对农户参与市场的促进作用。很多农户宁愿承受自留种造成的产量和抗虫性性状的部分退化，而不愿应对市场上种子质量的不确定件带来的风险。这对现代生物技术的充分利用是一个挑战，同时也不利于整个种子市场的扩张和发展。
第三，良种补贴总体上难以达到促进技术的转化利用、提高良种覆盖率的目的。政府2007年的棉花良种补贴项目虽然有着良好的补贴目的，采取了一系列保障措施，也确实起到了节省农户购种投入的作用。然而，仍有一定比例的农户因为喜欢的种子没有列入补贴范围等原因而没有接受补贴。因此，仅从减少种子成本这一方面来看，补贴款难以全部被农户吸收利用，也就难以达到政策宣传的节省购种成本的规模。更重要的是，研究结果显示，本研究样本中补贴种子和非补贴种子的表现没有显著的差别，也就是说，良种补贴总体上难以达到促进技术转化，提高良种覆盖率的目的。因此，对于转基因生物技术的利用也难以起到促进作用。另外，分地区考查政策效果的研究结果显示，该政策对于很多地区的棉花生产和技术利用还是有显著影响的，但是有趣的是，这些影响可正可负。这也许就是良种补贴之所以造成较大争议的原因。也意味着良种补贴政策的效果很大程度上受到地方政策执行情况的影响。农业部和财政部2009年对于良种补贴政策新的实施意见对于以上问题进行了有针对性的调整和部署，将对于改善补贴效果具有正面影响。但其彻底性仍有待进一步的观察和研究。
第四，我国虽然非常重视转基因农业生物安全管理，并按照国际惯例，制定了一系列的管理法规和条例，然而，调查数据表明，农户采用的转基因品种中仍然有相当比例没有获得生物安全审批。事实上，转基因农业生物安全管理对保证转基因Bt棉花抗虫效率仍然起着积极的作用。如果更加有效地执行生物安全管理，杜绝非法品种的流入，则转基因Bt技术的效益还能够得到进一步提高。