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双翅目昆虫是昆虫纲中物种最丰富的类群之一，目前对其形态学、分类学、生态学、生理学、生物地理学等多方面进行过研究。在分子系统学方面，国外研究者利用线粒体DNA(mtDNA)的Cytb、COI、COII和16SrRNA基因及核糖体的18SrRNA基因对双翅目部分类群进行过系统发育关系的研究，我国在这方面的研究很少，而用28SrRNA基因序列对有瓣蝇类间的不同类群进行分子系统学研究在国内尚无报道。
本研究以核糖体的28SrRNA基因作为分子遗传标记，用昆虫28SrRNA基因的特异性引物进行PCR扩增及DNA测序，获得双翅目有瓣蝇类6科15种28SrRNA基因部分序列，并结合GenBank中登录的5科6种有瓣蝇类昆虫的28SrRNA序列片段组合成7科21种，进行同源性比较，获得692bp序列。利用分子生物学软件进行序列组成分析并构建系统发育树，从分子水平上对有瓣蝇类常见类群科间的系统进化关系进行了研究，得到以下结果：
1.在不包括外群在内的所有种类的21条28SrRNA基因序列中，A+T平均含量为68.8％，G+C平均含量为31.2％，表现出A+T含量远高于G+C含量(有瓣蝇类7科21种：A=34.6％、T=34.2％、C=12.9％、G=18.3％)，密码子的碱基使用频率存在明显的偏向性。
2.在所研究的21条28SrRNA基因序列中核苷酸的替换总体表现为转换略高于颠换(转换与颠换得比值R=1.1)。不同密码子位点的核苷酸替换具有明显的差异，转换主要是T与C之间的转换，而颠换主要是A与T之间。
3.对有瓣蝇类7科21种蝇类用几种建树方法所产生的分子系统树的拓扑结构大致相似，基本分为2大分支，丽蝇科的种类优先相聚，再和寄蝇科、麻蝇科的种类相聚，反应了这3科的亲缘关系较近；蝇科与花蝇科相聚在一起，独立为一枝，位于系统树的基部；而厕蝇科和粪蝇科的种类与丽蝇科、寄蝇科和麻蝇科聚在了一起，这与目前的分类系统应与蝇科和花蝇科相聚不一致，因此，这两个科的归属问题值得商榷。
4.运用28SrRNA基因对有瓣蝇类部分类群进行系统发育关系进行研究时发现，该基因在解决科属间的系统发育关系是一个有效的分子标记，但在解决属以下阶元之间的关系时存在一定不足。