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目前全球感染性疾病发病的趋势和面临的挑战依然相当严峻，同时由于抗生素的滥用导致人类致病菌耐药性的出现，极大地减少了现有药物治疗的有效性，迫切需要开发新的药物来应对感染性疾病。微生物来源的天然产物，尤其特殊生境的微生物，具有结构新颖、活性多样的特点，是药物开发的重要来源，成为国内外研究的重点领域。本论文从实验室已有的活性筛选模型出发，结合生物信息学分析、LCMS图谱分析、单菌多次级代谢产物等策略，从特殊生境的微生物中鉴定出有活性的天然产物。 对一株有细胞毒性的植物病原真菌Microdochium majus99049进行了研究，从MM99049中分离鉴定了15个化合物，包括2个新化合1-2，分别命名为Microdochiumin和Brocaeloid D，通过各种波谱技术、CD测试、IR测试和量子化学计算CD等方法确定了化合物的平面构型和立体构型。其中新化合物Microdochiumin(1)为首次发现的七元内酯环化合物，测试Staphylococcus aureus(SA),Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus(MRSA),candida albicans(CA),Pseudomonas aeruginosa(PA),Bacillus subtilis(BS),Bacillus Calmette-Guérin(BCG)和细胞毒性，均没有活性。 对海洋内生真菌Aspergillus versicolor MF160003和Aspergillus fumigatus MF029的次级代谢产物进行了研究和生物活性进行了评价。从Aspergillus versicolor MF160003中分离纯化得到20个化合物，包括3个新化合物16-18。从Aspergillus fumigatus MF029中分离得到6个化合物，包括2个新化合物36和39。首次发现化合物38和41具有很强的抗BCG活性，MIC值均为1.25μg/mL，有望将其开发成新一代抗结核前体药物。 利用一株鲁氏毛霉AS3.3447对隐丹参酮进行了结构修饰，获得了7个新的化合物，与底物相比，原有的邻二酮结构被破坏，形成了内酯和螺环结构。其中化合物42和44的抗病毒活性很好，且毒性小。本论文还首次运用手性柱将两对螺环异构体分离。