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本研究提出并分析了以下核心问题：政府在民办高校办学过程中起到了什么样的作用?为什么会产生这些作用?民办高校如何更好的在政府的积极作用下自主办学?论文以公共管理理论为基础，分析和探讨了政府在我国民办高等教育发展中应有的责任问题、合理的职能定位问题以及政府对民办高校发展的作用及其途径和方式问题。研究者从民办高校创办人的角度，通过自身近二十年的民办高校办学经历，描述了政府在民办高校发展过程中的主要作用，以案例叙事的方式描述了办学者在许多重要事件中的经历和体会，在此基础上，对政府与民办高校发展中的关系进行了分析。研究认为，政府对民办高校的生存与发展具有决定性的影响，而合理的职能定位是发挥政府在民办高校发展过程中积极作用的关键。鉴此，本文提出了在民办高校发展的“转型期”，应该建立“有限”政府服务和管理的政策建议，同时也就民办高校如何在政府的积极作用下自主办学提出了参考性建议。
本研究以叙事研究为主要方法。论文由以下三部分组成：
第一部分(第一章与第二章)：研究问题、方法和分析框架。在概述有关理论和对相关文献进行评述的基础上，通过分析目前民办高校面临的困难和矛盾，尤其是民办高等教育的实际发展与政府政策目标相背离的现象，提出了“政府的作用与民办高校发展之间的关系”这一研究主题，并建立了从“审批”、“评估”、“服务”、“法规”等方面研究政府作用及其影响的分析框架。
第二部分(第三章至第六章)：分别从“审批”、“评估”、“服务”、“政策法规”四个方面，对政府作用与民办高校发展的关系进行了分析。第三章通过政府“审批”与民办高校发展关系的描述，揭示了民办高校从酝酿到筹建，从初建到“超常规”发展，再到为跨越“升格”“门槛”，需要不断接受政府审批，都不得不“创新”和接受“熬煎”以及不断提升办学能力的过程；政府审批行为在促进民办高校办学能力提升方面作用的发挥，关键在于对民办高校办学“门槛”的设置和审批权限在政府部门之间的分配。
第四章通过展现政府对民办高校办学资质评估和民办高校接受评估的过程，发现政府的评估在许多方面发挥了促进民办高校办学能力提升的“原动力”作用，但是，过度的“迎接评估”也成了民办高校额外的经常性负担，增加了民办高校的办学成本。
第五章集中分析了政府的几项主要“服务”职能，包括在办学资源市场和不同的政府职能部门之间的“协调服务”、在校园稳定方面的“保障作用”、在招生方面的“替代行为”等。从中可以发现，政府的服务在民办高校“办学链”的不同环节和不同领域表现出了不同的性质和作用；政府在具体办学行为上的职能“越位”是当前民办高校办学能力提升的严重障碍。
第六章通过对政府法规政策与民办高校发展关系的分析，发现政府政策与促进民办高校发展这一目标之间存在着诸多的“相悖”现象；政府的政策法规只有建立在更充分地考虑民办高校的办学实际及其“面向市场办学”这一基本特点之上，才可能真正有效地促进民办高等教育的发展。
第三部分(第七章)：结论和建议。本文发现，在民办高等教育发展的不同时期和不同领域，政府发挥着不同作用。民办高校要在激烈的竞争中求得生存、稳步发展，需要政府优化民办高等教育发展的政策环境。根据新公共服务理论，按照“有限政府”这一理念，政府在“审批”、“评估”、“招生管理”、“制度环境建设”等方面进行合理的职能定位，是切实扩大民办高校办学自主权的必然；同时，民办高校在自主办学的过程中，只有充分利用政府对民办高等教育发展的积极作用，才能不断提高办学实力，为中国高等教育的发展做出更大贡献。